4.对网上仲裁的公正性与权威性的怀疑
争议当事人之所以愿意将争议提交居中的第三者来裁判，很大程度上就是出于对该第三者的公正性与权威性的信任。而网上仲裁这种争议解决形式却在这方面受到了怀疑。人们认为难以找到合格的网上仲裁员，对仲裁机构的公正性产生怀疑，使网上仲裁的吸引力大减。网上仲裁机构相对于传统仲裁机构来说，都是新成立不久的，一些还是试验性的机构，缺少象传统仲裁的常设仲裁机构那样的具有良好声誉的网上仲裁机构。人们对网上仲裁这种争议解决方式的不了解必然会使争议当事人对网上仲裁员的能力产生怀疑。各国也未建立起对担任网上仲裁员的要求的统一标准。在进行网上仲裁之前，当事人不得不考虑，谁提供仲裁员？那些仲裁员是否合格？
在传统仲裁中合格的仲裁员，在网上仲裁中却不一定能够胜任。可以说传统的仲裁只涉及三方参与者，而网上仲裁涉及四方参与者，“第四方”就是电脑技术。这个“第四方”不会取代第三方的地位，但是会改变第三方，即要求他需要有新的技术、知识、和对策来很好地有效完成其工作。（注：Ethan Katsh and Janet Rifkin,Online Dispute Resolution:Resolving Conflicts in Cyberspace,San Francisco,Jossey-Bass,2001.）因而这些仲裁员应具有法律、商业、技术方面的背景以及仲裁方面的经验。仲裁机构还应该对其组织的网上仲裁员进行将网络技术运用于争议解决程序的培训。由于网上交易的数量多，由此产生的纠纷数量也多，因而应有足够多的公正的合格的仲裁员来满足实际需要。
另外，在网上消费者争议中，商家作为从事电子商务的老手在拟订要求将争议提交仲裁的条款时，他们往往指定一个特定的网上仲裁机构。这一点引起了对网上仲裁机构中立性和公正性的质疑。网上仲裁机构也需要案源，因而尽管该网上仲裁提供机构与拟订仲裁条款的一方当事人没有关系（除了它们之间或许地理位置相近之外），但是很显然对于商业化运作的非免费网上仲裁机构来说，该仲裁条款拟订者是一个很大的“客户”。在如此情况下，网上仲裁服务提供者如果总是作出不利于该商家的裁决，则必然会疏远该商家，其结果就是该仲裁条款拟订者不再指定由该网上仲裁机构解决它与其消费者之间的争议。因此网上仲裁服务提供者可能往往感到有压力，尽管可能只是潜意识这样觉得，从而该仲裁者往往可能会听从于或偏向于为它们提供案源的商家。（注：Wiliam Krause,Do You Want to Step Outside?An Overview of Online Alternative Dispute Resolution,19 The John Marshall Journal of Computer & Information Law,Spring,2001,p.484.）
5.网上仲裁的费用对于小额网上交易当事人来说过于昂贵
网上仲裁的缺点之一就是不够便宜。如由www.webdispute.com仲裁500美元以下的一件争议，用电子邮件方式进行审理，要求双方当事人各支付50美元的受理费和50美元的仲裁费。这些费用会随着案件标的的增加和仲裁所用时间的增加而增加。对5000美元以下的案件用一个小时电话会议技术进行审理，将需要200美元受案费和100美元的仲裁费。这对小额争议来说是不合适的。大量的网上商城进行大量的小额交易，往往有的商品的价值还不够100美元。而另一方面实践中往往因为案件标的太小，而没有仲裁员愿意进行仲裁。
6.网上仲裁不利于消费者保护
网上争议的很大一部分就是B2C交易产生的争议。据欧洲委员会统计，每年约有15%的网上B2C交易将需要求助于某种替代争议解决模式。（注：William K.SlateⅡ,Settling claims on the Internet:Dispute prevention and resolution in eCommerce,Vital speeches of the Day,Sep.1,2001,p.686.）在这些争议的解决中一个很重要的问题就是消费者保护。而网上仲裁被认为不利于消费者保护。在网上B2C交易中，有些网上商家可能和其消费者在交易合同中签订网上仲裁条款，但是仲裁这种有约束力的争端解决形式，是否适用于消费者交易一直受到质疑。美国允许在消费者交易中使用有约束力的仲裁条款，而欧洲国家并不这样做。（注：Mary Shannon Martin,Keep it Online:the Hague Convention and the Need for Online Alternative Dispute Resolution in International Business-to-Consumer E-commerce,Boston University International Law Journal,spring,2002,p.155.）很多学者认为，仲裁不适合消费者争议的解决，虽然它可能有助于B2B争议解决。
