5.第二审中确立了检察机关“谁提出上诉，谁支持公诉”的原则，取消了“撤销原判，发回重审”的规定。根据检察官地位当事人化的改革思路，本编将人民检察院不服一审判决，申请上一级法院对案件重新进行审判的行为不再规定为“抗诉”，而代之以与被告人相同的“上诉”。在第二审中，本编规定了“谁提出上诉，谁支持公诉”的原则，要求“第二审人民法院开庭审理由公诉人提起的上诉案件或者由被告人提起上诉的公诉案件，原第一审人民法院的同级人民检察院应当派员出庭。”这种修改符合谁上诉谁负责的原则，且原第一审法院的同级人民检察院经办此案，对案件情况更为了解，由其负责出庭有利于保证第二审法院对案件的正确处理，也是上下级人民检察院在业务上相对独立的具体体现。此外，本编取消了原法律有关第二审法院可以“裁定撤消原判，发回原审人民法院重新审判”的规定，代之以第二审法院直接改判。这有利于实现第二审法院审理的实质化，防止第二审程序的形式主义，真正发挥第二审的纠错功能，同时对于加快案件审结速度，提高审判效率也具有积极意义。
6.增设了死刑复核庭，使死刑复核程序实质化。本编规定法院在机构设置上，应在“最高人民法院和高级人民法院设死刑复核庭。最高人民法院死刑复核庭负责对全国判处死刑立即执行案件的核准，高级人民法院死刑复核庭负责对判处死刑缓期二年执行案件的核准。”一方面再次明确判处死刑立即执行案件的核准权应当收归最高人民法院统一行使，其含意是不得将判处死刑立即执行的案件授权高级人民法院核准；另一方面通过设置死刑复核庭，并改革相关制度如要求死刑复核庭复核死刑案件必须提审被告人，必须听取辩护人的意见等，使死刑复核程序实质化，真正起到对死刑案件的“把关”作用。
7.严格限制了申诉主体的范围，确立了检察机关的“特别申诉”制度。申诉主体过宽不利于生效判决的相对稳定，造成了有限司法资源的浪费，因此应严格控制申诉主体的范围。本编规定除被判决有罪的人及其法定代理人、近亲属外，其他人不再作为申诉的主体。并且规定“人民检察院对于本院起诉的案件，发现人民法院的生效裁判确有错误的，为了被判有罪的人的利益，应当提起特别申诉”。这符合大多数国家的做法，也是检察官“公正司法”的职责体现。
8.建立了针对法官的“司法弹劾”制度。法官是社会正义的最终维护者和直接体现者，如果法官违背职业操守，偏离公正准则，枉法裁判，则不仅正义丧失，而且将使民众产生对法律公正性、权威性的怀疑，导致“司法信任危机”。在建议稿中，由于实行“审判中心主义”，法官被赋予了很大的权力，如果不对法官的权力进行必要的规制，容易导致法官的权力滥用，故本编创设了司法弹劾制度。设立司法弹劾制度也是为了规范人大对司法的监督。目前人大的“个案监督”方式，直接干预了法院对具体案件的审判，有违法院独立审判的立法精神，应当予以纠正。因此，设立司法弹劾制度，把人大的监督限于法官滥用职权的范围，有利于避免立法机关指挥或取代司法机关办案这种不合理的做法。本编对司法弹劾制度的机构设置、程序运用、法律后果、不服弹劾的救济措施等有关问题作出了明确规定。
