否定毗连区和专属经济区阻禁的合法性是机械解释《海洋法公约》相关条款的结果。《海洋法公约》第33条不可能将武器贩运和安全纳入其中，因为在第一次和第三次海洋法会议期问，大规模杀伤性武器扩散尚不是一个威胁国际和平与安全的严重问题，与会各国对安全问题是否有管辖权存在分歧。而且，该公约本身不是一个有关国际安全的条约，尽管它有助于维护和平与安全。第33条对海关事项的管辖权足以支持在毗连区内的阻禁活动。这种阻禁为有些国家的法律将毗连区管辖权扩大到安全事项所加强。
在专属经济区，沿海国享有的是主权权利而非主权，所以将主权与阻禁牵扯在一起显得很牵强。实际上，沿海国无需求助于主权概念，《海洋法公约》第58条提供了现存可利用的依据。该条第2款和第3款规定：“第八十八至第一一五条以及其他国际法有关规则……均适用于专属经济区”；外国船舶“应适当顾及沿海国的权利和义务，并应遵守沿海国按照……其他国际法规则所制定的与本部分不相抵触的法律和规章。”第88条是“公海应只用于和平目的”。这些条款表明了如下法律意义：第一，专属经济区航行自由必须仅用于和平目的，扩散运输显然不符合此原则。第二，那些禁止和打击扩散的国际条约和安理会决议是适用于专属经济区的国际法规则。秘书长报告对此确认，《不扩散核武器条约》、《禁止化学武器公约》和《禁止生物武器公约》“载有可能也适用于海洋的限制”。[22]第三，外国船舶需遵守沿海国根据防扩散国际法规则制定的这类法律规章。换言之，沿海国打击扩散贩运的法律是可适用于专属经济区的法律。这为《禁止化学武器公约》第7条和《禁止生物武器公约》第4条所相互印证。它们规定，国家应通过刑事立法等措施禁止在“国际法承认的在其管辖下的任何其他地方”的自然人和法人进行任何扩散活动。因此，沿海国在专属经济区享有对扩散事项的规范与执行管辖权。秘书长报告说：“《海洋法公约》及其他文书规定了沿海国在领海中，以及就一些海事安保方面的特殊威胁而言在毗连区和专属经济区的立法和执法管辖权。”[23]
显而易见，沿海国在其专属经济区阻禁无需船旗国同意。将阻禁扩散运输与阻禁毒品贩运类比不妥当，毕竟二者的性质和法律渊源完全不同。况且，毒品贩运的执法问题已在两个区域协定中有了新进展。1995年欧洲理事会《执行联合国禁止非法贩运麻醉药品和精神药物公约第17条的海上非法贩运协定》和2003年《加勒比区域合作惩治麻醉药品和精神药物非法海上和空中贩运协定》均规定，非船旗缔约国在某些情况下可以登临搜查位于任何国家领海以外的可疑船舶。更重要的是，船旗国同意的新发展允许沿海国在一定条件下“自行”拦截扩散嫌疑船舶。《2005年议定书》新增第3分条将为了恐怖主义目的而非法和故意地在船上运输核生化武器或其材料定义为犯罪，新增第8分条规定非船旗国有登临权，即在有合理理由怀疑船只或其人员实施该项犯罪时，任何缔约国，无论是否船旗国，都可以经旗国同意登临检查。旗国同意受“4小时”限制。也就是说，如果船旗国在规定时限内没有答复登临请求，请求国即可登临。
（三）船旗国管辖
在船旗国管辖下进行的阻禁是海上阻禁合法性的另一个最明显表现。按照《海洋法公约》，船旗国管辖是适用于专属经济区和公海的一项一般原则。《海洋法公约》第91、92和94条规定，每个国家应确定给予船舶国籍、船舶在其领土内登记及悬挂旗帜的权利的条件；除国际条约和本公约所明确规定的例外情况外，船舶在公海上应受其国籍国的专属管辖；每个国家应对悬挂其旗帜的船舶有效地行使行政、技术及社会事项上的管辖和控制。因此，船旗国在阻禁方面具有特别重要的作用。一方面，船旗国可将载运大规模杀伤性武器或其材料作为船舶登记和悬挂旗帜的一个禁止和处罚条件，据此对在公海和专属经济区的涉嫌违法船舶执法。这不会造成任何法律问题，没有哪个国家和学者表示异议。安理会有关决议明确要求，所有国家应采取必要措施，防止使用悬挂本国国旗的船只向伊朗或朝鲜运送大规模杀伤性武器计划有关的材料、设备和技术。[24]
船旗国管辖在外国专属经济区将引起与沿海国的并行管辖及其冲突问题。《海洋法公约》第59条规定了专属经济区管辖权归属不明所致冲突的解决原则，即应在公平的基础上参照一切有关情况，考虑到所涉利益分别对有关各方和整个国际社会的重要性，加以解决。这意味着，管辖权谁属优先应综合各种因素来判断。如果旗国有能力并有愿意对其在外国专属经济区的嫌疑扩散船舶行使管辖权，船旗国管辖则优先。但是，船旗国的这种能力和意愿可能很难得到证实。因为“船旗国主要是保持开放注册而海洋基础设施通常极少的国家”，其控制不力要对管制国际军火流动存在的困难承担部分责任。[25] 因此，即使船旗国主张管辖，也难以与沿海国管辖有效抗衡。秘书长报告呼吁加强沿海国和港口国执法、建议制定一个允许沿海国在国际法允许范围内拦截和登临威胁海事安保的船舶并调查和起诉犯罪嫌疑人的法律框架进一步佐证了沿海国管辖的优先性。[26]
另一方面，船旗国专属管辖使旗国可以通过双边协定赋予阻禁方授权。实际上，《海洋法公约》第110条的登临权是以“除条约授权的干涉行为外”开始的。《巴黎原则》第四项也提到国家应认真考虑在适当情况下，同意让其他国家的人员登临搜查其船只及扣押被查出的扩散物资。因此，如果倡议参加国与其他国家、尤其方便旗国缔结了相互同意阻禁扩散嫌疑船舶的协定，他们就取得了阻禁的合法授权。美国与包括最大方便旗国在内的11个国家，仿照美国与加勒比和中美洲国家之间的反毒品协定模式，缔结了倡议船舶登临协定。这些协定建立了快速同意登临程序，允许美国军舰在公海登临、搜查被怀疑运载扩散货物的对方船舶以及在可能时扣留船舶及其货物。它们覆盖了全球商船总吨位的60％以上。[27]美国还在与其他国家谈判缔结类似协定。
