（1）上诉机构强调WTO成员有权依据第3条第3款建立比国际标准更高的保护水平，拒绝了第3条第1款和第3款之间一般规则与例外的关系的专家组裁定。
（2）专家组将“based on”（根据）解释为意义上等同于“conform to”（一致）。对此，上诉机构不予同意，并推翻了专家组的下述裁定：如依据第3条第1款“根据”国际标准制定一卫生措施，其应反映同于该标准之保护水平。
（3）在解释第5条第1款和第2款中的“风险评估”时，上诉机构首先拒绝了专家组引入“风险管理”概念的解释方法。[17]然后，上诉机构裁定，风险评估不仅涉及那些在严格管制条件下的科学实验中可发现的风险，而且包括人类社会中存在的风险。此外，“风险评估”不要求确立风险的最低量值。
（4）对于第5条第1款的实质要求——SPS措施与风险评估的合理关系，上诉机构认为，尽管在多数情况下，负责和有代表性的政府倾向于基于主流的科学观点制定法律和管理措施，但有时它也可能根据某些不同观点善意行事。这样做本身并不意味着SPS措施与风险评估间缺乏合理关系。当有关风险在性质上危及生命，而且被认为对公众健康和安全构成明确的迫近的威胁时，更是如此。
最后，上诉机构仅仅以欧盟进行的风险评估不足为由，裁定其进口禁令不符合第5条第1款的要求，并由此也违反了第3条第3款。
1998年2月13日，DSB通过了上诉机构报告以及经过上诉机构修改的专家组报告。[18]
上诉机构的裁决甫一作出，美国和欧盟即各自宣称己方胜出。美国将裁决解读为，欧盟的进口禁令因为缺乏科学依据而应予撤销。欧盟方面则认为：“裁决没有要求撤销禁令，而只是要求我们提供风险评估；我们将着手此事。”[19]
从字面上看，专家组和上诉机构报告均只认定欧盟的措施与SPS协定不一致，建议欧盟使其符合SPS协定。报告都未就如何执行建议提出具体办法。这是专家组和上诉机构在争端解决实践中的一贯做法，[20]因为DSU第19条第1款规定，专家组和上诉机构应该建议（shall recommend）有关成员使其措施符合适用协定，此外，它们还可以提出（may suggest）执行建议的办法。[21]易言之，是否提出执行建议的方法在专家组和上诉机构的斟酌范围之内，但其性质不同于第1款第1句的“建议”，对成员没有约束力。[22]这意味着，DSU承认成员选择执行DSB裁决和建议的方式的自由。
基于上述理由，欧盟一直声称其将执行荷尔蒙案裁决和建议，同时又坚持自己选择适当的执行方式（即进行风险评估）的权利。[23]评论普遍认为，欧盟实际上从未打算放弃禁止荷尔蒙牛肉进口的做法，而是试图为禁令提供新的科学依据。[24]
在尊重成员选择执行方式的自主权的同时，DSU通过制定执行裁决的监督程序（DSU第21条）、允许胜诉成员中止减让和谈判补偿（DSU第22条），平衡了起诉/胜诉成员和败诉/执行裁决成员的利益。由于欧盟声称，风险评估需时甚多，不能立即撤销进口禁令，第21.3条仲裁员给予欧盟为期15个月的执行裁决的“合理期限”。[25]在该期限内欧盟仍未采取措施，于是，1999年7月，经过第22.6条仲裁程序，DSB授权美国中止对欧盟每年金额近1.2亿美元的减让。
2003年10月14日，欧盟颁布并实施了2003/74号指令，取代原96/22号指令。欧盟声称，其已撤销被裁定与适用协定不符的措施，新的立法与DSB裁决和建议相一致，建立在全面的风险评估基础上。基于评估，欧盟认为，避免摄入17b雌二醇对于人类健康绝对重要，因此禁止销售含有该荷尔蒙的牛肉；在收集相关科学信息后，因证据不足而临时禁止含有其它5种荷尔蒙的牛肉制品的销售。欧盟随即向DSB通报了其措施及相关评估，表示其已完全执行荷尔蒙案的裁决和建议，美国不再有理由针对欧盟继续中止减让。[26]
