第二，没有为申请人参与复议过程作出制度安排，被申请人较之申请人与复议工作人员的接触更为密切，二者在程序中并未得到同等对待。作为一种行政内部自我纠错的监督机制，行政复议的功能更强调维护客观行政法秩序、而非申请人主观权利的维护。在程序构建上体现为较强的复议机关主导色彩，强调通过复议工作人员的努力去查明事实真相，并不重视申请人与被申请人之间的抗辩对复议过程的推动。书面审原则的贯彻又使得复议工作人员对事实问题的查明更多依赖于被申请人提交的证据材料，在办案过程中更重视与被申请人之间的沟通，申请人在复议过程中基本处于无所作为的状态。申请人既没有机会向复议工作人员陈述自己的意见，也没有机会与被申请人展开辩论，从而无法有效影响复议决定的作出。在大量复议案件中，申请人将申请书递交给复议机关后就是消极等待复议决定。由于未能参与到复议案件的审理过程中，无法知晓办案人员是如何认定事实的，如果复议决定对其不利，申请人自然会选择提起行政诉讼。参与原则的缺失由此导致复议决定失去申请人的认同基础。参与原则的缺失在不利于保护申请人利益的同时也使得律师代理在复议中发挥作用的空间极其有限，律师作为法律专业人员对于法律争议有效解决所能发挥的积极作用在复议中无法体现，无助于复议专业性的提升和案件审理质量的提高。
第三，复议案件的审理原则上实行书面审，不进行言词辩论，只在申请人提出要求或者复议机构认为必要时，听取申请人、被申请人和第三人的意见。书面审查导致复议排除适用直接言词原则，申请人与被申请人之间没有机会展开辩论，各自意见基本都是单向向复议机关提出，没有体现裁决争议行为应当具有的两造对抗、居中裁决的基本程序构造。实践中由于复议工作人员还同时承担了其他大量行政工作，很难全部精力投入到复议案件的办理中，很少就事实问题再进行调查，主要通过对被申请人提交的材料进行书面审查来查明事实。[3]而我国目前由于行政决定程序自身并不完善，证据的收集和认定等方面还存在不少的问题，需要当事人双方在复议案件审理过程中就事实问题展开对质。书面审在行政程序自身并不完善的情形下应当说非常不利于查明事实问题。复议决定的事实基础通常就建立在作出具体行政行为认定的事实基础之上，复议决定中维持决定所占比例较高也就并不奇怪。
第四，为突显行政的灵活、便捷，强调简化程序，不对复议程序具体规则作出全面、可操作性的规定，特别是没有对证据制度作出规定，复议决定的理性基础欠缺制度保障。基于对程序规定过细会束缚办案人员的手脚的假设，当前立法对复议程序的规定比较简单，可以说有过度简化之嫌，欠缺必要的基本制度规定，导致办案人员无所适从。如调查取证程序问题：一方面是调查取证工作需要细化规定，需要明确复议机关的调查职权是遵循职权调查原则还是有限调查、复议机关能够采取哪些调查措施等等；另一方面是实际工作中复议工作人员由于难以专职于复议工作，调查取证工作有时没有时间保证，难以落实。再如证据规则的问题，复议证据种类、证据的证据能力与证明力如何认定、举证责任如何分配、证明标准等都没有明确规定。
第五，行政复议过程封闭、不透明，不向社会公开，复议决定书不向申请人和被申请人作出详细的理由说明。人民法院审理案件实行公开原则，公民可以到庭旁听，案件审理的过程向公众公开，接受公众的监督。反过来，庭审过程的公开增加了当事人和公众对判决的认同。行政复议由于实行书面审原则，不公开举行，公众无法旁听，其公正性难以得到社会认同，更难得到当事人的认同。行政复议过程的不透明无疑是行政复议背上“官官相护”之名的主要原因之一。
