致使法律创设的刑事司法机关相互制约的机制弱化，其原因也是多方面的，这里仅提出三点主要原因加以分析。
首先，司法机关共同的却又偏颇的价值趋向。尽管在司法民主化浪潮推动之下，人们特别是司法人员的刑事司法价值观也在发生变化，即从单纯的完成控制犯罪任务的观念到同时注重犯罪嫌疑人、被告人的权利保障的观念变化，但是，对于这种变化我们不能估计过高。深受历史和文化的影响，我们的国家，我们的民族极其重视社会安全、社会整体利益的保护，始终把个人权利置于服从国家利益和社会利益的地位。这种根深蒂固的传统影响和社会意识在司法机关那里反映得尤为突出，这是他们同刑事犯罪作斗争所具有的职责特征使然。这种刑事司法价值趋向在刑事程序立法和刑事司法活动中都有明显的反映，“如果分析刑事程序立法和司法运作机制，我们可以发现实际上我国奉行的是犯罪控制至上的观念。大多数诉讼规则都主要考虑了追究犯罪的需要，司法实务为此亦不惜在一定程序上严重限制个人权利。”（注：左卫民：《价值与结构——刑事程序的双重分析》，四川大学出版社1994年版，第100页。）司法机关之间，无论是横向关系，还是纵向关系，有一点是共同的，即他们都是同犯罪作斗争的专门机关，他们必须共同协作，完成打击犯罪的任务。并且，他们的价值趋向都是把打击犯罪放在绝对重要的位置上作为最高价值，而把当事人的权利保障放在次要的位置上。这种价值选择并无根本性的错误，但确实是一种偏颇的选择。这种共同的偏颇的价值趋向，使司法机关在其相互关系中始终把相互配合置于绝对的地位，而把相互制约放在服从的地位。因此，某些司法机关在面临着行使制约权与履行相互配合职责、保障公民个人权利安全与保障社会利益安全的两难选择时，有时候就会宁愿冒重复刑事司法错误的风险，而不愿行使制约的权力以破坏相互合作，妨害同犯罪作斗争的任务的完成。
其次，刑事司法错误责任追究机制的缺陷。大凡搞错了案件，对公民进行了错误的刑事追究，而不管这种刑事追究已经发展到了何种地步，都是刑事司法错误，都应该由有关的司法机关承担相应的司法责任。但是，这种由国家承担的错案责任与有关司法人员的个人责任并非一回事。国家司法机关给公民造成了司法侵害，在任何场合都应该承担相应的责任，但只要司法人员主观上并无过错，不存在失职、渎职，就不应该承担责任。然而，在许多地方司法部门，现行的错案追究机制不健全，不科学，不成熟，刑事司法错误出现以后，不是无人承担错案责任（尽管某些司法人员确实存在着过错），就是对有关司法人员不管有无过错，一律追究其错案责任。无人承担错案责任，自然不会担心犯重复性错误会导致什么不利的结果，从而也就不会积极认真地行使制约的权力；而在不管有无过错，一律追究错案责任的条件下，则又可能出现同样会妨害相互制约的情形：即前道诉讼程序上的司法人员会设法让后遭诉讼程序上的司法人员放弃制约，淡化制约；而后道诉讼程序上的司法人员也会因体谅前道程序上司法人员的风险压力而尽可能放弃制约，减弱制约。有些刑事司法错误被一再重复，就是司法机关相互之间或有关的司法人员之间进行“交涉”和妥协的结果。
