从立法层面或正式的制度看，我国公诉案件不允许控辩双方以合意的方式对诉讼进程的结果施加影响。但并不是说我国司法实践中没有出现这一问题。司法实践中“坦白从宽，抗拒从严”多少有点“标准化宽恕”的意味。（注：美国诉讼理论将辩诉交易分为明示的和默示的交易。标准化宽恕常采用默示的方法向愿意答辩有罪而几乎没有交易实力和采取合理或甚至懊悔态度的被告人提供标准减刑，以避免审判的麻烦，提高诉讼效率。参见［美］爱伦·斯切斯泰勒斯·黛丽，南希·弗兰克，美国刑事法院诉讼程序[M]，北京：中国人民大学出版社，2002年，410-420页。）牡丹江市某基层法院闻名全国的首例采用辩诉交易裁判的案件表明了理论界与实务界对合意制度化问题的探索。然而笔者认为，我国现阶段司法改革的任务仍不宜彰显合意这一主题。这是因为刑事诉讼合意最重要的正当性在于它体现了程序的效率价值，尽管我们不否认合意同样能体现程序的公正价值（程序公正）。我国现阶段司法改革的核心命题仍是公正，或公正前提下的效率，尚不具备大规模的将合意制度化条件，具体而言，笔者认为存在如下阻碍因素：
第一，控辩平等对抗、法院居中裁判的诉讼构造未真正从运行的制度层面上确立起来。尽管96年修改后刑事诉讼法已拉近了两者间的距离，但无论从立法还是实践看，两者差距较大。控辩双方实质上的不平等使正当合意难以建立：缺乏意识自由和交涉的基础。仍以辩诉交易为例，只有当被告方能够真正自由权衡和表达自己的愿意，且其功利追求能为检察机关和法官所尊重时，辩诉交易的效率价值才能够在不会影响诉讼公正的情况下充分体现出来。控辩关系的强烈反差可能扭曲合意的本质：证据合意可能是逼迫或诱骗的结果，认罪交易可能是一种“空洞允诺”，（注：在美国辩诉交易制度中，空洞允诺指如果答辩有罪的被告人获得与如果他们去审判该获得的同样的惩罚，那么交易获得的是空洞的允诺。参见［美］爱伦·斯切斯泰勒斯·黛丽，南希·弗兰克，美国刑事法院诉讼程序[M]，北京：中国人民大学出版社，2002.411。）而合意使用简易程序可能是对法律不熟知或受诱骗的结果（我国多数简单刑事案件没有辩护人）。从这一角度看，合意的制度化或合法化不宜大规模进行。
另外，法院居中裁判不能得到有效保障，控审分离在实践中只具有形式意义，这种司法现实使法院对检察院裁量权不能形成有效制约，难以保证合意的意思自治性，而法官在多数合意的形成过程中应当起到的“检查答辩的自愿性和保持谈判在合理范围内的事实基础”（注：参见［美］爱伦·斯切斯泰勒斯·黛丽，南希·弗兰克，美国刑事法院诉讼程序[M]，北京：中国人民大学出版社，2002.411。）责任往往不能履行，其结果是：因威胁或诱骗而被强迫合意的情况势必在司法实践中大量充斥。
第二，在权力配置上，检察机关的自由裁量权十分有限，缺乏与被告人或辩护人达成合意的权力资源。对于立法来说，给检察官配置裁量权有一个两难选择：从目前我国检察机关所拥有的社会公信力来看，配置过多的裁量权显然难以获得社会的认可，其人员的素质也难以独立承担起维护社会公益的职责。在目前司法腐败猖獗、司法的权威性难以得到社会认同的今天，给检察机关过多配置自由裁量权是不符合我国国情的。但从保障检察权独立和提高诉讼效率角度看，检察机关的自由裁量权的适度扩张又是不可避免的。从96年修改刑事诉讼法可以看出，我国的刑事诉讼模式正向当事人主义转变，此后的司法改革也以引进、学习当事人主义国家刑事诉讼制度为主。而基于对抗制的要求，检察机关应当有适当的自由裁量权，从世界范围看，英美国家检察官的自由裁量权比传统大陆法系国家大，美国刑事诉讼中检察官的“全面起诉裁量权”、“诉因形成权”、“认罪协商权”都是传统大陆法系检察官不具有的。如何解决这两者之间的矛盾是我国刑事诉讼理论与实务共同面对的一个重大课题。我们认为，现阶段我国刑事诉讼中检察权所面临的主要问题是独立性问题和有效规制问题。前者是讲检察权运作的外部环境问题，核心问题是解决“外部政治及社会势力之不当支配”问题；后者是解决具体案件审理中如何通过分权制衡来规制检察权的变态运作的问题。由于检察官在刑事诉讼中的地位十分关键，“按刑事诉讼全程，检察官在侦查中有‘司法警察官’职能，起诉决定裁量时有‘审判官’之职能，莅庭实施公诉时有‘公益辩护人’之职能，刑罚执行时有‘罪犯矫治师’之职能，堪称刑事诉讼程序全程，皆在检察官掌控中。故检察官实为刑事诉讼全程‘主宰’者，只要检察官在侦查、起诉裁量、公诉莅庭、刑罚执行等任何一环刑事诉讼程序，有故意怠忽职责或滥用职权之情事，刑事正义之实现即成泡影。可知检察官在刑事诉讼程序中实为全程支配者地位。”因此，有人认为，“能支配检察官者，即能支配刑事司法正义，使检察权之运作符合自己政党或社会势力之利益。若未设相关机制以节制检察权之行使，必然形成‘检察专制’、‘检察法西斯’。”（注：［台］朱朝亮：检察权之制衡[J],www.pra-tw.org-4/pro-4-1-26-2.htm）这是从控辩关系及检察机关与社会公益的主体关系来分析的，是对台湾地区、日本司法实态的描述，而客观上讲这两地的检察官法律素养普遍高于大陆，尚不易负载如此多的职责，更何况法制水平处于发展阶段的大陆。审前程序中屡见不鲜、屡禁不止的刑讯逼供、超期羁押等问题，只在一个侧面反映了控辩关系的紧张状态，以及检察权的变态运作。因此，现阶段过分强调检察官的自由裁量权对我国今天的司法实践是十分有害的。
