第一，未能在正当程序的统一前提之下，配置司法资源。程序是司法活动的运做空间，属司法的三大构成要素之一。[70]尽管不同案件应当适用不同的程序，但这些程序首先要符合正当程序的基本标准。而且对于诸如死刑等重大案件，程序正当化的程度应当更高，而非相反。但我国目前司法资源配置的一个基本指导思想，却是在正当程序之外，寻求通过某些带有强烈行政化色彩的力量或办法，对程序的运作结果加以审查、监督甚至是替代。要完全在正当程序前提下配置司法资源，法院体制的非行政化是必须解决的一个问题。[71]
第二，司法机关在程序选择上自由裁量权过大。在立法中心主义体制之下，依程序法定原则，诉讼程序的设置属于立法权范围。立法对各种程序之适用条件应当作出尽可能明确的规定，并且必须为确保这些规定得到真正贯彻，设立有效的制约措施。但我国目前法律规定过于抽象化，可操作性不强，因此某一具体案件究竟适用何种程序，主要由司法机关自行决定，而且对于司法机关自由裁量权的行使并无有效的制约途径。这种局面造成的后果有两个：一个是法律适用不统一，如刑事诉讼法要求“疑难、复杂、重大”案件，提交审判委员会讨论，但究竟何为“疑难、复杂、重大”，此类模糊性的文字在司法实践中必然造成评判标准的混乱。另一个后果则是法律在司法实践中难以完全落实。司法机关不受制约的自由裁量权对于立法有一种强大的稀释作用，在很多情况下，这种稀释作用甚至足以产生否定立法的结果。就程序选择问题而言，我国现行刑事诉讼法许多规定几乎处于被废弃的边缘。
第三，与上述一点密切相关的是，不仅立法未对司法机关自由裁量权构成制约，而且当事人在这一问题上也没有任何发言权。目前学界在倡导赋予被告人以程序选择权时，往往将目光集中在普通程序与简易程序之选择的问题上。[72]但这一问题并非仅限于此，被告人之程序选择权在诉讼中的诸多方面都可以获得体现。即通过申请、动议等一系列诉讼行为，就程序适用发表自己的意见，并对司法机关产生一定程度的约束力。但是在我国现行刑事诉讼体制下，凡是关于程序适用的问题，几乎事无巨细均属司法机关依职权决定范围。
2.寻找实现司法资源优化配置的突破口
通过上文的分析，可以得出如下两个结论。这两个结论也是我国进一步修订刑事诉讼法应当坚持的基本方向。第一，我国在今后相当长的一段时期内，司法资源配置的主要原则应当是全面加强程序的正当性，而不是在程序简易化上作过多的文章。目前我国刑事诉讼法赋予被告人的程序保障已经严重不足，若再以提高效率为由予以简化，将是非常危险的。试想，依照我国现行刑事诉讼法，只有可能被判处死刑的或未成年被告人等极少数案件才可以获得指定辩护，这样的程序还有多少可以简化的余地呢？第二，全面加强程序的正当性并非意味着对所有案件“平均用力”，而是要在正当程序的大前提之下，针对案件的特殊性，予以审判方式、证据制度、审级安排等方面的区别对待，从而使司法资源配置达到最优。
那么，在正当程序的前提之下，究竟如何针对案件的不同进行特殊的程序安排呢？笔者认为在当前条件下，可以选取以下两点作为突破口，进行重点改革。
（1）对现行审级制度加以调整。
地方保护主义是促使我国学界开始思考现行四级两审终审制弊端的一个最初诱因。但是，将地方保护主义完全归咎于审级制度是不恰当的，而且我国审级制度的症结也并不完全在于审级数量究竟是两个还是三个，而在于制度建构之初，对复级审理体制之基本原理的理解过于肤浅，从而导致问题丛生。
在现代司法体制之下，上下级法院之间不仅仅存在级别上的区分，更为重要的还有一种功能上的区分。根据这种区分，各国法院体系一般分为初审法院、上诉法院和终审法院三级。初审法院又被称为审判法院，对案件事实问题和法律问题进行全面审判。而上诉法院对于事实审查的范围则受到相当大的限制，英美法系国家的上诉法院仅仅负责法律问题的审查，事实问题完全以初审法院的审判结果为依据；大陆法系国家的上诉法院尽管对事实问题和法律问题都有审查权，但也只是以当事人上诉的范围为限。终审法院仅仅审查具有重大意义的法律问题，它所担负的职责与其说是解决具体的纠纷，毋宁说是统一法律适用。[73]通过对上下级法院之间进行功能上的区分，一方面避免了重复劳动，提高了诉讼效率，另一方面也使法院内部独立成为可能，上级法院无权干涉专属于下级法院的审判权。
而我国现行刑事诉讼法仅仅对上下级法院之间作了级别上的区分，功能区分并未体现，无论是二审程序还是审判监督程序均贯彻所谓“全面审查原则”，对案件事实问题和法律问题进行再一次的全面审理。这样一来，即使是最高法院审判案件与基层法院在程序上亦无太大差别。这种审级制度的运做效果与上述西方国家恰恰相反——方面，诉讼效率遭受致命打击，各级法院面对繁重的工作量苦不堪言，最高法院也无法担负起统一法律适用的职责；另一方面，诉讼重心呈现严重“上移”的倾向，上下级法院之间请示汇报、指示批复这种带有强烈行政色彩的做法成为惯例。
因此，审级制度之改革，应当作为我国实现司法资源优化配置的一个重要突破口。首先，废除二审全面审查原则，二审法院仅就上诉、抗诉范围内有关事实和法律问题加以审查。其次，设置有条件的第三审程序。所谓“有条件”是指在案件性质以及是否涉及重大法律问题等方面，对三审的启动设置一定的限制性条件。另外，对于具有重大法律意义的案件，亦可启动第三审程序建立指导性判例，以求统一法律适用。
需要指出的是，这些改革要想达到预期效果，离不开一个必不可少的前提，那就是一审程序的进一步完善。现行审级制度之所以始终将二审全面审理作为一项基本原则，除了在制度设计之初理论认识上的不足之外，还有一个非常重要的现实原因，那就是目前的一审尚无法达到程序正当化之基本要求，以至于很多重要的程序性权益在一审中未得到充分保障的当事人也期待着案件能够在二审中获得全面的重新审理。这样看来，我国现行审级制度至多只是满足于一种各级法院之间的低水平重复，审级再多，当事人所获得的程序保障也不会有实质性提高。只有通过不同审级的职能分工，将有限的司法资源在各级法院之间予以合理分配，公正与效率方能同时实现最大化。
（2）证据规则之建立健全。
在刑事诉讼中，控辩双方举证、质证和法官的查证以及对证据之评价与认定都是围绕证据展开的。证据规则在很大程度上可以决定程序运行的整体面貌，它不仅在发现真实与人权保障两方面发挥重要作用，而且对于调节司法资源配置亦有重要功能。对于证据规则，目前我国无论是理论研究还是法律实践都还比较薄弱，属于一个亟待填补的空白领域。限于篇幅，本文在此仅讨论以下两个方面的具体问题。
