第三，辩诉交易与“以事实为根据、以法律为准绳”和“对一切公民在适用法律上一律平等”的诉讼原则相冲突。“以事实为根据”要求公安、司法机关对任何刑事案件的处理都必须建立在确实可靠的证据基础之上，无论是公安机关的提请批准逮捕书、检察院的起诉书，还是法院的判决书，都必须“忠于事实真相”，而不能满足于被告人的有罪供述，更不允许检察院或法院在案件事实不清的情况下与被告人就案件如何处理进行“讨价还价”，特别是法院必须在判决以前把好事实关，绝不能简单地批准公诉机关与被告人之间的“协议”；“以法律为准绳”要求公安、司法机关必须遵循罪刑法定、罪刑相适应等刑法原则以及刑事诉讼法规定的程序，针对具体被告人的特定犯罪做出准确的处理决定。任何放弃指控、减少指控数量或者减轻指控罪名、重罪轻判的行为，都是违反法律规定的。“对一切公民在适用法律上一律平等”的原则，要求无论适用实体法，还是适用程序法，都不允许特权或者歧视的存在，在我国这样一个封建流毒远未肃清、人治体制尚待革除的国家，坚持这一原则具有非常重要的现实意义。但是，如果确认辩诉交易，必然会在适用法律上造成新的不平等，甚至可能把公安、司法机关未能依法履行法定职责所产生的消极后果掩盖起来。
三、辩诉交易会强烈冲击侦查、起诉和审判制度，破坏正在逐步完善的程序法制，加剧司法腐败
我国1979年通过新中国第一部刑事诉讼法，对侦查、起诉和审判刑事案件的基本程序做出了全面的规定。1996年修改刑事诉讼法时对这些程序又进行了改进，特别是对审判制度做了重大改革，包括开庭前的审查、庭审程序、判决制度等；另外，在侦查程序中导入了律师帮助制度，在起诉阶段开始允许辩护人参与，并且在审查起诉的程序上新增必须“听取被害人及其委托人的意见”的规定，程序的民主化程度有一定提高。法律既赋予了公安机关、检察院和法院相当大的权力，同时又责成三机关分别在侦查、起诉和审判阶段承担相应的职责，要求它们务必查明案件的事实真相，对案件做出正确的处理。为了与审判方式的改革相配套，法律还增设了简易程序，用于审判法定刑在三年有期徒刑以下的轻微刑事案件。尽管这套制度还有很多缺点和不足，但是，它毕竟为公正地处理刑事案件提供了统一的、基本的程序保障，承担着实现人民期待的“程序正义”的重负。随着对外交往的不断扩大以及国内改革、开放的不断深入，程序法制正在逐步完善，“通过程序实现法治”逐渐成为法学界的共识。然而，如果引入辩诉交易制度，现有的侦查、起诉和审判制度必然会受到严重的冲击：侦查不必再那么“深入细致”，因为反正到了起诉阶段检察院可以同犯罪嫌疑人进行交易；检察院在审查起诉阶段也用不着再详细地审查案件的证据，直接与犯罪嫌疑人或者其辩护人“谈价钱”好了，听取被害人及其委托人意见的程序可能会蜕变成“说服”他们接受辩诉交易的过程，法律规定的“退回补充侦查”制度以及“证据不足不起诉”制度基本上也可以“退休”了；法院的审判程序也用不着那么正规了，一切在公开的法庭上弄不清楚的问题都可以通过庭下的“磋商”“搞掂”；除非“倔强”的被告人能够顶住来自法官、检察官甚至律师的压力，否则，“证据不足的无罪判决”是断然不会再出现了；新《刑事诉讼法》所确立的“非经法院依法判决，对任何人都不得确定有罪”的原则将被虚置，法院固有的判刑权也将受到检察官“求刑”权的严重侵蚀，“法院司法”的正当程序将在一定程度上被“检察官司法”所取代。总之，不仅法律要求公安、司法机关必须认真履行的职责可能会被懈怠或者疏忽，而且已经发现的办案漏洞，也可能会通过辩诉交易加以掩盖，一个案件无论如何处理，都有了合法的依据。法定程序算什么？太烦琐了！还是辩诉交易好，案子结了，什么把柄也没有！
