其次，从价值取向看，我国刑事证明标准强调了实体真实的一面，忽视了程序正义一面。长期以来，刑事诉讼法只被认为是刑法的从属法、保障法，只要实体真实、即使程序违法也不影响刑事诉讼的进行，因此，在刑事证明标准的设立上忽视其作为程序本身科学性和独立程序价值所在，如强调司法机关的控诉职能、忽视犯罪嫌疑人等辩方证明标准和程序事实证明标准的设立，同时没有相应配套的制度保障证明程序的进行。
最后，从司法实践看，其还具有以下不足。1.规定过于宽泛。所谓“案件事实清楚”，是一个概括性规定，在实践中操作起来有一定难度。而“案件事实”是一个大概念，包括定罪量刑的所有事实，同时还有程序性事实等，如对案件事实全部收集、查明，必然导致诉讼效率低下，浪费司法资源；如只查明主要案件事实，则不易公正处理案件。不同社会危害性的案件、不同的证明主体、不同的诉讼阶段所要求的证明标准宽严不同，规定宽泛，则在实践运用中很难统一把握它的尺度[1]。2.没有体现公、检、法三机关的职权分工，且易诱发司法人员违法现象。侦查、提起公诉、审判阶段要求同一证明标准，固然能保证对案件事实的正确认定，但也造成司法资源浪费。公、检、法三机关分工负责的目的之一就是提高诉讼效率，节省司法资源，公、检、法三机关的工作有着其不同特点和要求，因此它们对于刑事证明标准应有所区别，不能一概而论。为了达到刑事证明标准，公安机关、检察机关在收集证据时可能会采取诱供甚至刑讯逼供等违法行为，对于难以收集的证据，则又导致案件拖延，对犯罪嫌疑人实行超期羁押，不利于保障人权。3.强制措施的证明标准不科学、不规范。一方面我国刑事证明标准体系中缺少刑事拘留的标准，另一方面，对于各阶段的证明标准设置不符合认识论渐进性的特点，而且在司法实践中，办案机关对证明标准的理解不统一，导致对强制措施的证明标准的执行和认识不一。
三、我国设立层次性刑事证明标准的依据
刑事证明标准的层次性是两大法系国家通行的做法，刑事证明标准的层次性是由人类认识论的规律、刑事诉讼的价值取向决定的，同时也是实现不同刑事诉讼阶段职能分工和贯彻刑事政策的要求。
（一）理论依据———认识论的规律
诉讼证明是从已知求得未知的活动，纵观中外，刑事证明标准的产生均是建立在认识论的理论基础[2]之上的。不管哪一种认识论均坚持世界是可知的，只是认识角度不同， 马克思主义哲学的认识论引入了实践的范畴，包括可知论和能动反映论，而其他哲学的认识论则是经验主义和理性主义立场。我国的刑事证明标准是建立在马克思主义的辩证唯物主义认识论基础上的。
不论何种认识论均强调了人类对于未知世界的认识过程，而刑事诉讼活动是一种围绕“确定被告人刑事责任”这一中心而进行的诉讼，其因事或因人而案发，而且已经发生的案件事实是一种过去发生的、不依赖于公安司法人员的意志而客观存在的事实，在锁定犯罪嫌疑人后，侦查人员必须通过收集证据等活动去认识和查明该客观事实、而不能改变它，在证据收集基础上，司法人员也要通过审查判断证据和运用证据等活动对犯罪嫌疑人、被告人是否构成犯罪等事实进行论证，以保证主观符合客观，因此刑事诉讼首先是一种认识活动，其要受到认识论规律的制约。
