（3）补充证据。证据处于未完成状态的，若条件允许，侦查机关可补充完善该证据。例如，对于侦查机关只提取了现场痕迹物证却未及时鉴定、仅提取毒品却未进行定性或定量分析，造成证据因处于未完成状态而存在瑕疵的，只要补充鉴定的条件仍在，侦查机关可进行补充鉴定，以对该证据的瑕疵进行补正。
在司法实务中，应当注意把握瑕疵证据补正的合理限度。补正，即补充、纠正，是“两个《证据规定》”明确规定的“挽救”瑕疵证据的方式之一。但是，瑕疵证据的补正应有其内在的限度，即并非所有的瑕疵证据皆可通过补正的方式予以“挽救”，在实践中应切忌认为任何瑕疵证据皆可补正。因为补充证据虽然为补正瑕疵证据的方式之一，但有些证据一旦错过恰当的取证时机而形成瑕疵，即无法通过补充证据的方式补正。例如，在王某等５名被告人故意伤害一案中，公诉机关指控５被告人故意伤害致人死亡的关键证据是县公安机关做出的《法医学鉴定书》———被害人李某的尸体检验报告，但公安机关并未对李某的尸体进行解剖，而仅仅是对尸表进行观察而得出检验结论，这份关键证据显然存在瑕疵。因为按照刑事诉讼法的规定和实践中的办案要求，对死因不明的尸体应当进行解剖；如果应对颅腔、胸腔、腹腔、盆腔及颈部进行检查或发现特殊情况应当全面剖检而没有进行的，尸检报告应说明理由；所有条件具备的尸检均应客观推断死亡原因和时间。但是，在该案中，认定５被告人犯故意伤害致死罪的主要证据即李某尸体检验报告的制作过程不符合上述规定，该证据在法定形式上存在缺陷。虽然后来上级公安机关、法医学鉴定中心做出了《文证审查意见书》予以弥补，但该《文证审查意见书》是依据县公安机关的鉴定书和死者的相关照片做出的，是否客观、科学，是否具有唯一性和排他性难以定论。因此，法院最终对《法医学鉴定书》和《文证审查意见书》均未予采信，而以证据不足、指控的犯罪不能成立宣告5被告人无罪。[8]
当事人同意是补正瑕疵证据的合法方式之一，但以当事人认可的方式补正证据也存在一定的条件和限制：一是有些证据瑕疵根本就无法通过当事人同意的方式予以补正。例如，侦查人员一人讯问的，即使当事人事后认可当时供述的自愿性，该口供的瑕疵仍无法补正。二是有些证据瑕疵单凭一方当事人的同意无法得以补正。例如，实践中不少报案笔录是破案后补做的，姑且不论其实体内容是否真实，单从形式要件上往往很难符合定案的要求，如有的笔录没有起止时间，有的没有报案人的签名或者按印，更有甚者把报案时间提前到了案发前，等等。对于这种显然是事后补做的笔录，报案人基于追诉的目的当然会同意、认可，但该证据同样涉及被告方的权利，因而，仅有报案人的同意而被告对此持有异议的话，则该证据的瑕疵即不可能通过一方当事人的同意而予以补正。实践中尤其应当警惕的是，侦查机关在发现证据瑕疵后，强迫当事人同意以补正瑕疵证据。因此，司法机关在审查判断瑕疵证据是否可以补正时应当重点查明当事人同意的真实性、自愿性。
除此之外，瑕疵证据的补正还应当以“真实原则”为底限，防止侦查机关为补正瑕疵证据而伪造证据，尤其是应当禁止“倒签时间”、“无中生有的增加侦查人员与见证人”等弄虚作假的行为。[9]例如，案卷中只有辨认笔录而没有被辨认对象的照片、录像等资料，法庭通知有关办案人员补充提交上述资料，但上述资料实际上已经遗失，根本无法补交，办案人员不得不制造假证以进行所谓的补正。在媒体报道的号称当时安徽省最大贩毒案的“阜阳王胜雨贩毒案”中，被告人的辩护律师指出，该案证据存在重大瑕疵。被告人于2005年2月9日被抓获，当即被决定刑事拘留，依照公安部《公安机关办理刑事案件程序规定》第145条之规定：“对被拘留、逮捕的犯罪嫌疑人、被告人应当立即送看守所羁押”。但是，本案中公安机关却将被告人非法羁押在缉毒大队办公室而并未立即送至看守所，时间长达5天之久，直至2月13日才予以收押。事后，公安人员在明知违反上述规定的情况下，将犯罪嫌疑人、被告人违法羁押期间的多份讯问笔录的讯问地点全部篡改为看守所，这是典型伪造证据以图补正证据的弄虚作假行为。[10]
