实践中，书证的提取存在同样的问题。根据相关司法解释，除法定情形外，对书证都应当提取正本，如不能提取正本的，应当说明原因，在制作副本、复印件时，制作人不得少于两人，并应当注明页数及原件存放于何处，原件持有人和制作人均要署名。但是，实践中一个普遍的问题是，书证的副本、复印件制作往往不符合上述要求，或者未注明来源，或者只有一名侦查员签名，致使书证出现瑕疵。
3．证据因形式不符而产生瑕疵
为保证取证程序的规范性，刑事诉讼法和相关司法解释一般从取证人员、时间、地点等方面对取证行为做出规定和限制。司法实践中会存在不完全符合上述法律要求的证据。根据《死刑案件证据规定》第14条的规定，证人证言的收集程序和方式有下列瑕疵，通过有关办案人员的补正或者做出合理解释的，可以采用：（1）没有填写询问人、记录人、法定代理人姓名或者询问的起止时间、地点的；（2）询问证人的地点不符合规定的；（3）询问笔录没有记录告知证人应当如实提供证言和有意作伪证或者隐匿罪证要负法律责任内容的；（4）询问笔录反映出在同一时间段内、同一询问人员询问不同证人的。据此，实践中常见的没有填写询问人、记录人、法定代理人姓名或者询问的起止时间、地点等的证人证言、被害人陈述笔录，均属于瑕疵证据。
4．证据因处于未完成状态而产生瑕疵
在证据审查判断过程中，经常会碰到现场的痕迹物证未及时鉴定、提取的毒品未进行定性定量分析、身份不明的被害人未进行DNA检验等情形。这些情形下的证据即因处于未完成状态而属于瑕疵证据，不得直接作为定案根据，而应补正或做出合理解释。例如，在李某故意杀人一案中，侦查机关对死者身份鉴别不仔细，当时虽然提取了检材，但未作DNA鉴定，以至于对确认死者身份造成了困难。但是，该证据显然不属非法证据，而是处于未完成状态的瑕疵证据。
5．证据因取证程序轻微违法而产生瑕疵
瑕疵证据与非法证据的重要区别之一即在于，从合法性角度看，非法证据属于重大程序违法，而瑕疵证据属于轻微程序违法。那么，理论上和实践中应如何区分一项证据是重大程序违法还是轻微程序违法呢？笔者认为，关键还是看该证据是否因程序重大违法而侵犯当事人的基本权利。例如，未取得搜查证即实施搜查，属于重大程序违法。因为“令状主义”是保障公民人身和财产自由的基本程序设置，《中华人民共和国宪法》第37条明确规定：“中华人民共和国公民的人身自由不受侵犯……禁止非法搜查公民的身体”，《中华人民共和国刑事诉讼法》（以下简称《刑事诉讼法》）第111条也规定：“进行搜查，必须向被搜查人出示搜查证。”公民是否受到非法搜查，从程序上审查、判断，关键就是看该搜查是否获得合法授权，而搜查证正是合法授权的依据和标志。因此，侦查机关未取得搜查证而实施搜查，属于违反宪法规定的重大程序违法，所获证据属于非法证据，应予排除。问题在于，如果侦查人员取得了搜查证，在实施搜查时亦向被搜查人出示了搜查证，但却未向被搜查人出示相关证件以表明身份或者出示的是无效证件，那么，该搜查是否构成违法搜查？所获证据是否应予排除？《刑事诉讼法》并未明文规定侦查人员进行搜查应当出示相关证件以表明身份。但是，《刑事诉讼法》第92条和第97条分别规定，侦查人员在讯问犯罪嫌疑人、询问证人时，应当出示人民检察院或者公安机关的证明文件。《中华人民共和国人民警察法》（以下简称《人民警察法》）第9条也明确规定，为维护社会治安秩序，公安机关的人民警察对有违法犯罪嫌疑的人员，经出示相应证件可以当场盘问、检查。从法理上讲，之所以要求侦查人员在实施讯问犯罪嫌疑人、询问证人、盘查之前先出示证件，主要是为保障程序的合法性，即确保上述侦查行为系由合法主体所实施。由于搜查与讯问犯罪嫌疑人、询问证人、盘查在本质上相同，皆属侦查取证行为，因此，应当类推适用《刑事诉讼法》和《人民警察法》的相关规定，侦查人员在进行搜查时亦应出示相应证件。为此，搜查时未出示证件或出示的是无效证件，虽然也是程序违法，但却并非属于违反宪法规定的重大程序违法，所获证据亦不是非法证据而属瑕疵证据。因为该搜查行为已经获得法律授权，本质上即属合法搜查，虽然侦查人员未向被搜查人出示相关证件以表明身份或者出示的是无效证件，违反了法律的相关规定，但这种违法并不足以否定搜查行为本身的合法性，亦未侵犯被搜查人的任何宪法性基本权利，因而，这种违法仅属技术性、细节性违法，通过该次搜查所获得的证据属于瑕疵证据，而非非法证据。
