在司法实践中尤其应当注意区分“瑕疵证据”与“非法证据”，切勿将两者混为一谈。“瑕疵证据”与“非法证据”都是存在某种缺陷的证据，两者具有一定的相似性。司法实务中容易混淆两者的区别，误将“瑕疵证据”混作“非法证据”而径直予以排除，或是将“非法证据”视为“瑕疵证据”而允许其一再补正。无论是误将“瑕疵证据”混作“非法证据”而径直予以排除，还是误将“非法证据”视为“瑕疵证据”允许其一再补正后使用，都将在实践中造成比较严重的程序后果：误将“瑕疵证据”混作“非法证据”而径直予以排除，不仅可能导致非法证据排除规则适用范围的不当扩张，而且可能影响案件证据链的形成，进而影响刑事诉讼打击和惩罚犯罪的时效性。例如，在何某某强奸一案中，起诉书指控被告人何某某共强奸了两名幼女，其中一名3次、一名1次，但用以支持指控的证据中被奸淫3次的被害幼女的陈述笔录尾部没有完整的侦查人员签名，负责审理该案的法庭认定该证据不合法而不能作为定案依据，结果导致被告人何某某本为奸淫幼女2名但只认定为1名。在该案中，没有完整侦查人员签名的被害人陈述笔录本应属瑕疵证据，经有关办案人员的补正或者做出合理解释后仍可采用，但法院却将其误作为非法证据而径直予以排除，结果导致被告人的全部犯罪行为未能得到完全证明，这在某种意义上可以说是放纵了犯罪。误将“非法证据”视为“瑕疵证据”而允许其一再补正，也可能导致以严重侵犯人权的方式获取的非法证据却被采纳。若被告人因此而被定罪，非法证据排除规则将被架空，侦查机关的违法侦查行为将无法得到遏制，公民的基本人权也将无法得到救济。
二、瑕疵证据概念的提出在证据法上的意义
“瑕疵证据”概念的提出，从证据可采性角度将证据区分为三种类型：“合法证据”、“瑕疵证据”和“无证据能力的证据”。客观地讲，这一“三分法”克服了既往证据学研究中将证据简单划分为“合法证据与非法证据”这一研究范式的缺陷，在证据法理上具有合理性、在证据法实践中具有可操作性。具而言之有四：
1．“三分法”修正了传统证据学“两分法”在逻辑分类上的错误
我国传统证据学理论所坚持的“合法证据与非法证据”两分法，其实是混淆了“非法证据”与“无证据能力的证据”这两个概念。“非法证据”与“无证据能力的证据”在法效力上具有一致性，即证据因不具有证据能力而应在程序上排除其适用。但是，两者又存在重大区别：所谓“非法证据”，仅仅是指以“非法方法取得之证据”，如以法律明确禁止的刑讯方式获取的犯罪嫌疑人、被告人有罪供述，或者违反法定的程序实施搜查、扣押所获取的物证、书证等。“非法证据”之所以不具有证据能力，仅仅是因为其取证手段或程序违法，而非取证主体、证据形式等不合法；而“无证据能力的证据”之所以不具有证据能力，其原因并不一定是因为取证手段违法，而可能是基于其他原因，如不符合法定证据形式（不在法定的7种证据形式之内）、系传闻证据等。例如，证人若不出庭作证，其证言被排除而不具有证据能力，此乃运用传闻证据排除规则所致，而并非因为其为非法证据。可见，“非法证据”在概念的内涵和外延上均要小于“无证据能力的证据”。这两者之间实际上是一种种属关系，后者可包容前者。换言之，“非法证据”必定是“无证据能力的证据”，但“无证据能力的证据”却不一定是“非法证据”。
可见，我国传统证据学理论所坚持的“合法证据与非法证据”的“两分法”，在分类逻辑上是存在问题的。因为“非法证据”与“合法证据”并不在同一个逻辑层次上，在逻辑上与“合法证据”相对应的概念应当是“无证据能力的证据”，而非其种概念———“非法证据”。“三分法”以“无证据能力的证据”取代“非法证据”的概念，修正了“两分法”逻辑分类上的错误。
2．“三分法”克服了传统证据学“两分法”逻辑不周延的缺陷
