第二，组织机构的完善已是关系到检察工作和检察改革发展的一个瓶颈性的问题。组织机构是检察权运行的组织载体。它的重要性可以从近年来的检察理论研究成果中得到关联性印证。换句话说，关于检察机关的性质和检察权的定位、检察权的内容等问题的研究，客观上需要通过具体的机构改革加以落实，检察机关已有的机构改革需要进一步检视和厘清思路，如何围绕职权设置机构，迫切需要进行深入研究。另一方面，组织机构问题对于检察工作的重要性还可以通过检察实践的发展得到凸现，近年来的许多改革，例如主诉、主办检察官办案责任制改革，直指组织机构和检察官管理体制；检察工作的许多困惑，最终也都与检察机关的机构设置问题相关联。组织机构改革需要研究。其中存在着诸多关乎检察理论研究和检察实践进一步发展的重要问题需要深入研究。这包括：如何界定和解析组织机构？究竟检察官在组织机构或组织体系中的地位是怎样的？组织机构的各个组成部分之间是什么样的关系，对检察权的行使和检察职能的发挥分别具有怎样的作用？检察机关组织机构改革与国务院行政机关组织机构改革有什么关联和区别，如何把握检察机关组织机构改革应当坚持的原则？组织机构与检察权行使主体之间是什么关系？如何评价和认识既有的内设机构改革成果，科学把握内设机构改革的发展方向？以及究竟如何理解内部制约原则、如何借鉴有关国家的立法例，体现和遵从司法规律，科学解决内设机构改革问题，等等。这些问题关乎中国检察理论研究、检察工作进一步发展的重要的基础性的、甚至是根本性的问题，在组织机构改革的视野下凸显其紧迫性和重要性。不从根本上解决这些问题，势必使得我们的改革显得盲目、缺乏内在的逻辑性，甚至增加改革成本和问题，影响有中国特色的社会主义检察制度充分发挥其法治功能。
第三，经济体制改革的经验表明，组织机构改革对司法改革具有关键性的推动作用。著名经济学家吴敬琏在讨论制度安排的重要性时说过：“如果我们热心于发展我国的高技术产业，就首先应当热心于落实各项改革措施，建立起有利于高技术以及相关产业发展的经济和社会制度。只有这样的制度安排，才是推进技术进步和高技术产业发展的最强大的动力。”由此他提出了“制度重于技术”的分析论断。[2]这在一个侧面反映了我国经济体制改革中制度先行的经验和发展路径。有学者说，“对于社会发展来说，最重要的变化并不在于经济上已经达到的发展水平，而在于正在发生的社会结构转变。这是因为，改革前中国的落后并不单单在于经济发展的起点低，更在于社会结构的僵化。体制问题恰恰是造成中国经济不发达的重要原因之一。从某种意义上来说，改革后的经济发展正是由于体制变革所释放出来的活力所实现的。”“改革后中国意义最深刻的变化在于，伴随着改革的发展，社会正发生着一场重大的社会结构转型。”[3]反观我国的政治体制和司法体制改革，显然遵循的发展路径是不同的，政治体制改革的渐进性更突出。在具体的司法改革过程中，类似于诉讼程序、权能配置等技术性的问题的引进和落实更注重一些，相对于司法体制、组织机构、人员管理机制等制度性的问题而言，技术性问题的着重解决和改革思路更明显一些。当然，这种选择是司法改革本身的特性决定的，它更有利于维护基本的秩序，减少改革成本。但机构改革是不能回避的。
