其二，在事实发现的程序机制上，从裁判者而言，不同主体根据相同的证据作出不同的判断，完成不同的任务，都带有主观的成分，不过赋予法官的结论以权威。从受裁判者而言，以怀疑为前提的制度构造和程序设置，并不足以说明证明标准的阶段性上升性和递进趋势，而是将由对立者以“有色眼睛看问题”的治罪态度转到中立者的判断和对第三者的身份与利益无涉的信赖。以侦查为中心或审判为中心并不是事实发现的差别，而以各种规则为主的程序推进，是对待定事实的一种历史回溯的合成作用，并不是对既定事实进行展现和表演。
其三，在证明环节上，证明标准的单一性与阶段性、层次性存在差别。以正当程序吸收不满和增加认同度的程序推进，随着认知主体不同而变换，证据经排除后在数量渐变渐少的情况下，并不因为认识主体的法律水平或者政策素养高，导致认识的深化，保证对案件认识的质量越来越高。而我国法院对案件进行审判前不受司法审查，我国流水作业式刑事诉讼结构、强大的侦查权和补充侦查权，为公诉机关实行较高的公诉证据标准提供了坚实的证据基础。因此，证明标准层次的合理性根基不存在，而表现出证明标准的单一化和非层次性，但是这又没有体现公检法三机关的职能分工，法院对公诉证据标准缺乏审查制约而与控辩式庭审方式相矛盾。
其四，在证明责任上，法官亲自上阵与“谁主张，谁举证”的证明责任的基本法理相悖，又与法官消极中立的诉讼结构要求相冲突，认为法院承担证明责任的传统观念是让法官自己说服自己，卸除了控方责任。法庭庭外调查权又有悖于控审分离原则。经过多次审理而“依法”认定的法律真实，最终被庭审以外的客观真实所推翻而甘拜下风，法官被认为办错案而受追究。
其五，在检察官排除非法证据而对侦查程序进行控制的措施上，这种非法证据排除面临困境。若指其不具有证据能力，则负庭前排除责任的检察官有举证“偏向”，依法隐瞒证据与检察官负有的客观全面举证义务相矛盾；若指非法证据仍可提交法庭但不被承认其证明力，则检察官的监督职责形同虚设，对非法证据进行实质审查过后的意图“兼听则明”的法官又难免会产生预断。
在社会转型过程中，真实发现与程序公正之间的冲突需要立法和司法多方面的长期“调适”。此外，要承认事实判断不可避免的个体（检法）差异以及司法上国民参与值得信赖“正当化”。第一，在事实认定上，应该允许检、法主体之间认定标准的差别存在，并且应该让复杂多样的事实由检察机关提起公诉而交由法院进行评价，不能由检察机关自行作出终局裁量而造成对司法终审权的侵涉，当然，为了缓解审判压力和提高诉讼效率等，允许检察机关就轻罪案件作出具有终局性的不起诉决定；并且突出合法的审判程序通过横向的控辩交流和纵向的法官与控辩之间的交流对事实的再造功能和合作作用。第二，在证明责任上，通过证据开示和庭前证据交换制度等强调控辩双方地位的平等和权利的平衡，充分发挥控辩双方的职能，让中立、被动和超然的法官在控辩举证、质证和控辩辩论交锋基础上认证，形成“有理由”的、让当事人“服气”的判决。第三，在非法证据的排除上，检察官基于客观性义务和被告人基于自身利益，都可以作为非法证据排除程序的启动主体，设置庭前法官（目前可以由法院立案庭）作为程序性裁判的主体，避免检察官在排除非法证据时“依法隐瞒”不利于控诉的证据而具有的偏向色彩。第四，检察官如果对客观事实不了解，则其作出的程序性决定只能是“空中楼阁”，如有与客观事实和法律要求“雷同”那也“纯属巧合”。例如，在立案监督中，公安机关不向检察机关报送立案备案材料或者立案情况报表，检察机关通过被害人的申诉途径获得公安机关不依法立案的信息具有被动性。在侦查监督中，检察机关只能通过审阅公安机关收集证据材料发现侦查活动有无违法，而公安机关内部的法律文书以及办理留置、拘留、取保候审、监视居住等内部审批手续，要么没有随案移送，要么在事后移送，从而造成侵权的既成事实。因此，应充分发挥检察机关直接参诉而带来的全面获得案件信息的条件和优势，并规定有关主体的案件告知义务和协助检察机关了解案件情况的义务，主要包括报送备案义务、答复检察机关查询案件的义务、违法行为纠正和责任追究的执行回告义务等。[13]
