然而，股权分置改革却诱发了“法人股个人持有”现象的内在矛盾，并进一步演化为股权争议。因为股权分置改革后的“法人股”与此前已自由流通的“个人股”一样，将完全由市场机制进行定价，这一过程显然会出现高额增值。在此情况下，当年认购法人股的自然人投资者开始要求被挂靠的法人单位归还法人股。但一些法人单位并不接受自然人投资者的主张，相反却企图摆脱股份代持人的身份而变成股权的持有人。当然，也有不少法人单位愿意认可股份代持的历史事实，但即便如此，由于这些股票都是以法人单位的名义登记在册，因此作为实际出资人的自然人也需通过司法程序取得股权确认并完成过户登记。此外，还有一些被挂靠的法人单位在过去若干年间经历合并、分立、破产或解散，由此导致这些企业代持的法人股不知所踪；也有一些被挂靠的法人单位未经实际出资的自然人同意，擅自将法人股转让或质押给第三人；还有一些被挂靠的法人单位在解散或破产清算的时候，把法人股一同计入本单位的财产范围用于偿还债务。如此，引起了自然人投资者诉诸于司法救济。
（二）不同的判决结果
在“法人股个人持有”的股权纠纷中，由于事实层面上，认购法人股的自然人往往并未登记在股份发行企业的股东名册当中；法律层面上，此类案件还涉及国家经济政策导向和市场制度的变迁，以及社会公众投资者利益保护等“敏感”问题，因此司法机关在如何妥善解决这种涉及“历史遗留问题”的观点上具有较大争议。这种争议不仅表现为不同地区、不同级别的法院之间可能存在不同的审判思路和判决结果，而且即使是相同的审判思路和判决结果，不同法院的判决理由也存在很大差别（详见图表一）。[8]
立场保守的法院一般认为，根据早期相关法律文件，法人股的认购主体只能是法人单位，这就意味着当时的立法精神是禁止自然人认购法人股。虽然公司法实践中保护隐名出资人利益的判决很常见，但其前提必须是隐名出资行为不违反法律的强制性规定。据此，在“法人股个人持有”的股权纠纷当中，自然人的隐名出资行为不能得到法律认可。此外，在法人股权属纠纷最初出现的时候，有的法院甚至直接裁定，拒绝受理此类案件。
与此不同，更多法院倾向于认为，[9]“法人股个人持有”是中国证券市场发展过程的“历史遗留问题”，因此不能机械地按照一般法律规避问题进行处理，而应以国家最新的经济政策（即股权分置改革）为导向，以保护投资者利益为原则，确认自然人投资者对法人股的所有权。另外，也有法院为回避法律适用上的矛盾，转而通过调解的方式结案。比如，仅在2008年上半年，广西玉林市玉州区法院受理“法人股个人持有”纠纷即达到163件，其中审结152件，已审结的案件全部以调解方式结案；而且调解结果都是法人股权属归自然人所有。[10]
三、司法为何宽容？
考虑到不同法院在法律适用中存在差异，以及大多数判决的说理都很简单且依据也不同，我们首先需要质疑的是从司法层面对“法人股个人持有”行为采取宽容态度是否具备充分的法律依据？如果不具备，那么是什么理由支撑着法院做出这种判决？
（一）法律适用的切入点
从法律性质来看，“法人股个人持有”属于公司法上的隐名出资，因此很多法院首先是从公司法的角度来考虑法律适用。但在2011年最高人民法院出台《关于适用＜中华人民共和国公司法＞若干问题的规定（三）》（以下简称《公司法司法解释》（三））之前，无论是1993年和还是2006年《公司法》都没有对隐名出资问题做出规定，[14]因此早期司法机关在解决这类纠纷的时候，往往需要结合合同法的制度，[15]以及参考最高人民法院其它的一些指导性文件。[16]
对隐名出资问题，2003年最高人民法院曾拟订《关于审理公司纠纷案件若干问题的规定（一）》（征求意见稿）（以下简称《征求意见稿》），山东、上海等省市高级人民法院也曾出台司法指导意见。这些文件都提出了解决隐名出资问题的措施。其要旨是：[17]如果隐名出资人的身份已得到有限责任公司及其半数以上其他股东认可，或者隐名出资人承诺承担风险的，只要不存在违反法律强制性规定的情节，法院可以认定隐名出资人享有股权，即具有股东身份；否则只能按一般债权债务关系处理。虽然2003年《征求意见稿》并未正式出台，而地方法院的司法指导意见也不具有全国适用的效力，但实践中各地法院对隐名出资案件的判决仍大致体现了这些法律文件所强调的基本原则，即把“隐名出资人是否存在违反法律强制性规定”作为认定隐名出资人是否具有股东资格的一个重要标准。这种思路在2011年《公司法司法解释》（三）中再次得到确认。[18]
