由此可见，与一般企业破产遵循当事人意思自治原则、纯粹由司法权主导不同，银行破产案件中当事人自治原则受到了金融监管机关行使监管职权的制约。破产的本质是一种司法程序，银行出现危机直至破产退出市场是一个多方权力介入和博弈的过程，其间行政权与司法权发生冲突不可避免，对此如何协调与救济是银行破产法律制度应予明确的重要内容。
在整个银行破产过程（包括破产前的接管）中，行政权与司法权的冲突主要表现为两种情形：一是金融监管机关实施接管、行政关闭过程中司法权的随时介入，具体包括：（1）其他机构与被接管银行的经济纠纷引起的诉讼；（2）被接管银行对金融监管机关的接管行为不服提起的行政诉讼；（3）被接管银行或其债权人向法院提起破产诉讼。由于上述原因导致的法院介入，使得对金融机构的接管程序和司法程序同时进行，从而易引发行政权和司法权的冲突。二是进入破产程序后，法院的司法裁决权与金融监管机关破产审批、重整申请、全程监管权的冲突，即当银监会出于经济秩序稳定考虑而不同意有严重问题（尤其严重违规经营）的银行破产，但法院出于维护公平、正义及法律的尊严而认为应该让其破产时，或者在是否应予重组、破产过程中破产财产清算分配等事项上两者产生分歧等等。
对于第一种情形中的前两种情况应实行“一边接管，一边诉讼”的原则，金融监管机关应依法实施接管，同时应根据《公司法》和有关金融法规，尊重银行的各项法定权利，积极做好应诉工作。在第三种情况下应遵循“破产诉讼程序优先原则”，即破产诉讼程序开始后，接管工作应在该程序结束后并且法院未对该金融机构宣布破产时方可继续进行。
第二种情形中破产与否的价值衡量较难取舍。因为法院审判注重维护市民社会公平、正义之理念，而金融监管机关的决策则更注重安全价值的实现。但笔者认为，在法制化进程中，应维护“司法最终裁判”原则，以促进法律至上观念的形成。固然银行破产的阻滞可防止金融危机的传染和金融信用的崩溃，但这只是短暂的效应，极易造成风险的累积，从而加重金融体系的脆弱性，引发更大范围的危机。而且从法律意义上讲，过度的保护是对过错行为的默示认可，破坏法律遵守规则的建立，长远而言，不利于金融法律制度的完善与实施和金融风险意识的树立，从而陷入“违规——危机——过度保护——再违规——更大危机”的恶性循环之中，使市民社会的公序良俗遭到破坏。所以，虽然金融监管机关在银行破产中享有强大的监管权，但在银行是否应破产以及相关权利义务安排的问题上仍应贯彻“司法最终原则”，以维系法律对行政权的主导地位。当然实践中司法权与行政权应加强协调、配合，共同引导银行破产程序的顺利完成。
