起诉证明标准与审判定罪标准同一。一般认为，根据我国刑事诉讼法的规定，检察机关提起公诉和法院作出有罪判决所要求的证明标准都是一样的，均是“事实清楚，证据确实、充分”。尽管笔者对这一结论持有怀疑，但不可否认的是，实践中，公诉部门以法院定罪标准进行审查起诉已是众所皆知。事实上，即使使用同一种表述“证据确实充分”，也有个证明、认识主体的问题，是法官认为证据确实充分呢，还是前面都这样看的证明标准？从西方来看，是给法官定一个标准，这种标准能否作为一个一贯到底的标准，还是值得思考的，它容易给司法带来危害，最典型的就是拒绝纠正错误，甚至用更大的错误来掩盖过去的小错误[9]（第232页）。而现今，公诉在审查起诉时就是在遵循这样的要求，疑难案件中，尽管内心从经验认识上已确信犯罪嫌疑人应该定罪，但考虑到相关的不确定因素，仍不敢作出“证据确实充分”的认定，而是自发参考大陆、英美法系的“自由心证”、“排除合理怀疑”来循环说明该案存在某某无法排除的疑点，即便这种怀疑的可能性微乎其微。
过分依赖法官。疑难案件中，检察官确实存在着因司法不确定而拿不准的情况，诉与不诉面临困惑时，有些检察官就乐于事先联系法官听风把音，再视法官意见见机行事。这样即便不能起诉，也觉得心安理得。其实这样才是真正的司法风险：检法关注的细节可能不同，商议时检察官只是个人判断了哪些细节重要，或者因没开庭正式审理，辩方意见还不能充分体现，都会影响法官的客观、全面判断，也就是说这种情况下，案件的处理还是存在多种不确定，检察官基于此诉前潜行为就决定案件程序走向，放纵犯罪或打击错误的双重危险仍然不能得到有效消除。
（二）评价机制的悖反
公诉质量评价指标的偏失。在对公诉质量进行评价时，实践部门及司法研究者习惯于以法官裁判为标准来判断，如以“控审一致率”，“罪名变更率”，“无罪率”作为评价公诉质量的评价指标，甚至认为“无罪判决是一定意义上的无效指控”[10]（第217页）。由此，一些公诉机关也把高定罪率作为一种成绩，不论是对部门工作还是对公诉岗位上的先进典型，均以多年来所办案件无罪判决率为零作为宣传、褒赞事例，认为自己的工作得到了法院的认可就是成功。这种标准对于简单案件当然有其合理性，但将其毫无原则地推广至疑难案件时，其局限性也非常明显，它忽视了对司法不确定包括公诉环节司法不确定的科学考量，忽视了基于司法不确定而总会存在无法预测的无罪判决的司法规律，更抹杀了程序的功能与价值。就疑难案件而言，即使出现了控审不一，罪名变更、无罪判决，我们也不能一概认为其质量不高。
