五是自相矛盾。即证据与证据之间相互矛盾、抵消，用不同的证据，会得到不同的结论，而结论之间会形成相互反对或相互矛盾的关系，不能自圆其说。
六是运用法律条文不当。即在采信证据时，出现证据与相关法律不相干或抵触的现象，显然此时证据与法律条文不能有效地衔接。
七是证据、法律条文与犯罪性质没有必然联系。即在证据、法律条文与犯罪性质之间不有形成有效的“链条”。
八是循环论证。即证据与证据、证据与结论之间的相互循环，也即(1)此证据与彼证据相互依赖，不具备相对的独立；(2)证据本身的确还有待于结论，呈现一种“倒置”的现象。
九是犯罪嫌疑人或被告人拒不认罪。即大量的间接证据已经具备“充分确实”的要求，并足以排除掉其他各种可能性，能够正式证实案件的主要犯罪事实，但只是犯罪嫌疑人或被告人拒不认罪，没有犯罪嫌疑人、被告人供述这种直接证据，便不敢定案。
十是证据没有查证属实。(1)当事人或有关的人可能出于各种动机提供虚假的证据。(2)证人、被害人可能因为在生理上、认识上的原因，提供不准确的陈述。(3)环境等条件的限制或事物的变化可能引起的差错。(4)鉴定的条件和鉴定人的水平，可能使证据发生差错。(5)司法人员工作上的失误也会造成证据失实。[2]
十一、证据之间不能形成“锁链”。除了第5条不能自相矛盾外，因为第5条是证据有效的必要条件，除此之外，还必须在证据之间形成相互“印证”的关系，也即它们之间可以相互证明。
运用间接证据常出现这些的问题，值得我们注意，必须依法取证，使证据真实可靠。首先，刑事案件一定要尊重客观事实，处理案件要以客观存在的事实为依据，而这种存在的事实又必须是由充分、确实的证据加以证明。其次，坚持辩证唯物主义的认识论，注重深入调查研究，客观、全面地收集证据，根据充分确实的证据认定案情。[3]其三，正确看待口供与其他证据的关系，对犯罪嫌疑人、被告人的口供持特别慎重的态度，重证据而不轻信口供，对口供必须认真查证属实。刑事诉讼法第四十六条规定“对一切案件的判处都要重证据，重调查研究，不轻信口供，只有被告人的供述，没有其他证据的，不能认定被告人有罪和处以刑罚。”在实践中我们应注意以下几个方面。
