关于犯罪嫌疑人、被告人权利保护与被害人权利保护，有代表认为现行刑事诉讼法对被害人权利保护不够，应当健全法制，以被害人的权利保障为主，赋予被害人上诉权，完善委托代理人制度，将精神损害赔偿列入刑事附带民事诉讼赔偿的范围。有代表则认为能够像我国刑诉法这样把被害人规定为当事人的国家非常少见。还有代表认为任何人都是潜在的犯罪嫌疑人、被告人，对其权利的保护实际上就是对所有人权利的保护。法律应当规定任何被告人在刑事诉讼中都应当有辩护人为他辩护，在侦查过程中应当确立律师在场权，辩护人会见犯罪嫌疑人无需法院、检察院的批准。但是，有实务界人士提出了反对意见，理由在于我国目前律师数量太少，律师在场可能妨碍侦查讯问，造成律师为犯罪嫌疑人、被告人通风报信。大家比较一致的观点是，不能把被害人权利的保护与保护被告人的权利对立起来。
关于强制措施制度的改革，有学者认为，我们应当充分认清强制措施本身是以程序保障为目的的实体处分手段，是以法律保留原则为基础的。在此基础上，应对强制措施决定权的配置以及证明标准的设置等方面进行改革。强制措施制度的修改是刑诉法修改中难度最大的，原因在于：一是我国目前一些地方的犯罪多是外地人所为；二是侦查机关在多数案件的办理中坚持的依然是传统的先抓人后取证；三是被取保候审人脱保后的责任追究机制还没有建立起来；四是脱保之后对于办案人员的责任追究过于严厉。此外，还有学者认为应当完善诉讼制度，更新司法人员观念，提高取保候审的比例，减少逮捕、羁押的比例。
关于辩诉交易问题。有学者认为一切法律问题归根到底都是对文化问题的禁止，很多域外的诉讼制度之所以会在中国扭曲和变形，有很深刻的文化背景、诉讼制度背景和理解偏差等相关因素。具体到目前的研究，存在着实体法与程序法相分离、国内法与国外法偏离较大等问题。认为对辩诉交易的研究还不够全面，还有较大的偏差，以至于有些刑法学者由于不熟悉程序法的规定，他们提出的问题可能在程序法中并没有涉及；而有些程序法学者由于不熟悉实体法的规定，他们设计的程序也很难实施。对辩诉交易的理解存在一些偏差和误区，表现在：辩诉交易交易的是罪而不是刑；辩诉交易制度的产生必须配合沉默权制度以及完善的律师制度，而且辩诉交易的类型往往是辩诉双方没有把握、存在交易可能性的案件。有学者还认为，辩诉交易和和谐司法都遵循着人权、公正和程序的价值，尤其突出程序价值。中国刑事诉讼法修改也应该体现这样的价值，因此学者主张辩诉交易应该实现中国化。中国化的路径是创造一个新的制度，也是一个新的概念——控辩和解制度。这个概念是对刑事和解和辩诉交易进行融合之后提出来的。控辩和解制度可以适用于所有的诉讼阶段。也有学者提出质疑，如，有没有必要性？必要性在哪里？控辩和解、刑事和解、辩诉交易是什么关系？界限在哪？值得进一步研究。也有学者对辩诉交易本土化的问题，做了大量的实证调研，主要调查中国建立控辩协商制度的民众接受度以及建立控辩协商制度可能产生的负效应这两个问题。他的结论是，社会各界对建立控辩协商制度具有积极和肯定的态度，说明这个制度在中国有建立的可能性和必要性，但是由于目前配套的条件还不成熟，比如司法的公信力还相对较低，因此，需要在其他制度的配套完善过程中逐渐来展开。也有学者认为国外的辩诉交易制度之所以产生是公权力和私权利的一种妥协所造成的，而在中国则缺乏谈判和妥协合作的精神。当然，对辩诉交易的尝试，可能具有推进宪政制度变革的作用，有助于在中国塑造一种妥协谈判的精神，因此值得提倡。
