关于新公司监管问题，如果外资并购上市公司后的新公司不属外商投资企业，那原则上是不属商务部职权范围的。《通知》第2条明文规定，向外商转让上市公司国有股和法人股，应当符合《指导目录》的要求。凡禁止外商投资的，其国有股和法人股不得向外商转让；必须由中方控股或相对控股的，转让后应保持中方控股或相对控股地位。而国务院部门职能“三定”的原则，关于外资是否遵循行业政策是由商务部负责的。如果新公司不是外商投资企业，那就会出现在外资并购上市公司时，商务部有权监管，但对并购后的新公司在日后经营中规避外商投资行业限制、进行垄断行为却无权进行监管的悖论。
（三）国有股权价格问题。
鉴于我国上市公司中国有股的比重较大，国有股权的转让价格是关键问题，它不仅涉及到整个并购行为是否顺利进行，而且还涉及到我国上市公司整体实力提高、国有资产保增值和证券市场的繁荣稳定问题。
1.转让价格的评估方法。《利用外资改组国有企业暂行规定》允许非国有资产转让时应采用国际通行的评估方法，对于国有资产转让的评估，仍要求适用国有资产管理的有关规定，包括《国有资产评估管理办法》、《国有资产评估管理办法实施细则》等法规的相关进行评估，以评估后的净资产值为基础确定转让价格，通常不得低于净资产值的90%。在对国有资产进行评估时，主要看重公司的帐面价值，而外资一般则注重公司对于收购方所能产生的投资回报及市场价值，通常选择现金流贴现法、类比估值法等国际通行的做法进行评估，中外方在评估方法上通常存在差距，所以国内资产评估机构的评估结果大多不被外国公司接受，这一差距常常成为了交易无法达成的症结。
2.转让价格的确定方式。《通知》中规定，向外商转让上市公司国有股和法人股原则上采取公开竞价方式。但是竞价基础由谁确定，又如何确定，确定后具体怎样实施，竞价的程序如何确定，这些都是悬而未决的问题。《利用外资改组国有企业暂行规定》、《通知》均强调原则上、或优先采用公开竞价的方式确定。在实务操作过程中，上述规定的执行存在一定的难度。一方面，在确定转让价格及投资方时，仅仅以或主要以转让价格为判断标准不尽合理。受让方在该行业的经验是否丰富、受让方是否为风险投资机构，其投资的目的是否为通过短时间改善公司财务状况后转手套利、受让方的资信情况如何等等，这些问题对于被收购方的长远发展而言至关重要。另一方面，在操作中也存在一定的障碍。如根据南京新百2003年6月17日的公告，其第一大股东南京市国有资产经营控股有限公司持有的公司5638.2626万股国有股份在南京市产权交易中心挂牌转让的做法已被中国证监会南京特派办叫停，要求上市公司非流通股的转让必须遵循法律规定，在依法设立的证券交易场所进行。
