第一，司法鉴定质证制度能够帮助法官和当事人更好地了解和把握鉴定结论的证据能力。
首先，司法鉴定质证制度能够帮助法官和当事人更好地了解和把握鉴定结论的真实性。鉴定结论的真实性通常取决于两个方面：一是鉴定人的职业道德，一是鉴定人的执业水平。随着司法鉴定制度的改革，鉴定人的职业道德以及执业水平将得以提高，但是质证程序仍然起到了举足轻重的作用。众所周知，职业道德是不可能被所有人凭空知悉和感知的，质证程序可以帮助法官和当事人了解和信任鉴定人的职业道德。而执业水平似乎更从根本上决定了鉴定结论的真实性。但是，我们不得不清醒认识到鉴定人的执业水平在某些情况下与鉴定结论的真实性毫无关联甚至背离。这是因为：1.鉴定人在尊重科学情况下，还要作出利益选择，影响了鉴定结论的真实性；2.鉴定人受到了诉讼期间的限制，使得鉴定结论不可能接受时间的检验，影响了鉴定结论的真实性；3.鉴定人无法接触第一手事实材料，难免影响鉴定结论的真实性；4.鉴定技术的标准的不统一，也影响了鉴定结论的真实性。目前，我国在司法鉴定领域除部分法医学鉴定和司法精神疾病鉴定有几个部联合颁布的标准外，其他学科的鉴定，如物证技术鉴定至今尚无统一的标准。多数只是各自确定的标准或经验型的标准，有的还处在同一认定型的鉴定标准。所以，鉴定结论虽是鉴定人依据科学原理，借助科学仪器和设备，运用先进的检验方法和检测手段对案件的专门性问题进行的检验、判断的结果，但是其真实性仍然需要经过质证才能使得法官与当事人的了解和把握。
其次，司法鉴定质证制度能够帮助法官和当事人更好地了解和把握鉴定结论的关联性。鉴定结论的关联性是指鉴定结论必须与需要证明的案件事实具有一定的联系，能被用来证明案件真实情况的属性。鉴定结论的关联性是法律事实与自然事实之间的客观联系表现，而不是某个法官或某个当事人的主观臆想。而鉴定结论是否具有关联性，必须通过质证程序才能得以确定。
最后，司法鉴定质证制度能够帮助法官和当事人更好地了解和把握鉴定结论的合法性。证据的合法性是指证据来自依法取证并符合法定证据形式的属性。鉴定结论的合法性在很大程度上取决于鉴定结论形式要件上的合法问题。这些形式要件主要包括了鉴定主体、鉴定程序以及鉴定结论形式的合法性。从程序正义的角度出发，鉴定主体的合法性、鉴定程序的合法性以及鉴定结论形式的合法性，在很大程度上确保了司法鉴定结论作为定案证据的可靠性和可信性。一般根据三大诉讼法及其司法解释的相关规定，鉴定结论的形式要件，既属于法官审查权的范围，也属于当事人质证权的范畴。
