鉴定结论如何从证据资料转变为定案证据，同时，又要如何保证作为定案证据的鉴定结论是能够最大程度地还原自然事实以得到实质正义的裁判结果的定案证据，这是解决司法鉴定困境的最核心的问题。在对这个问题进行分析的过程中，我们将很自然地发现，司法鉴定与诉讼程序中的质证程序存在着某种必然的法理上的联系。笔者认为，深刻理解司法鉴定与质证程序的法理关系，是解决当前司法鉴定种种难题的基石。
一、 质证程序是对司法鉴定工作的检验根据
全国人大常委会2005年颁布的《关于司法鉴定管理问题的决定》的第1条规定，司法鉴定是指“：司法鉴定是指在诉讼活动中鉴定人运用科学技术或者专门知识对诉讼涉及的专门性问题进行鉴别和判断并提供鉴定意见的活动。”这个定义表明，司法鉴定的本质不是一种单纯的科技性鉴定活动，而是一种诉讼活动。笔者认为，之所以把司法鉴定界定为一种诉讼活动，并不能简单地因为其是出现在诉讼程序中的鉴定活动，而是因为司法鉴定是为了借助科技手段获取证据的诉讼活动。基于这种本质属性，司法鉴定要求鉴定人对诉讼涉及的专门性知识进行鉴别和判断，并提供鉴定意见。
质证程序是对司法鉴定工作的检验，笔者认为我国应当尽快建立和完善鉴定人出庭质证制度。我国三大诉讼法及其司法解释已经规定了鉴定人出庭接受质证的法律义务，但同时也广泛地规定了鉴定人出庭质证制度的例外情形，而且没有规定鉴定人不出庭接受质证所应承担的法律责任，这就造成了我国鉴定人出庭质证制度的法律缺位。由于鉴定结论本身是不会说话的，且本质上就是鉴定人以特殊形式表示的证言，这就要求鉴定人必须要出庭接受当事人的质证，以证实鉴定结论的证据能力和证明力，从而使鉴定结论可以令人信服地成为定案证据。从这一点上看，鉴定人出庭接受质证，既是保障诉讼双方充分行使其诉讼权利、实现司法公正、确保鉴定结论准确的有效措施，更应该是鉴定结论是否可以成为定案证据的必要前提条件。所以，我国诉讼法应当规定鉴定人必须出庭接受质证的法定义务，以及鉴定人不出庭接受质证的法律责任。
二、 质证程序使鉴定结论成为定案证据
我国三大诉讼法都将司法鉴定得出的鉴定结论与书证、物证、视听资料、证人证言、当事人的陈述和勘验笔录一样，列为法定证据。但同时也规定“，证据必须查证属实，才能作为认定事实(定案)的根据。”可见，司法鉴定的鉴定结论与其他的证据形式一样，并不当然地成为定案根据。鉴定结论能否从法定证据成为定案证据，关键在于其是否“查证属实”。何谓查证属实？三大诉讼法并没有给出定义或形式，但是最高人民法院关于三大诉讼法的一系列司法解释却给了我们较为明确的答案。
