（一）再审立案标准不明确
对当事人的申请再审，各地法院在实践中的做法不一，差别很大。有的法院规定当事人申请再审只要符合一般形式要件，且材料齐全，均作为复查案件予以立案审查；而有的则不仅要求当事人提出的再审申请符合一般形式要件，还要求当事人证明生效裁判可能有错误，才予以立卷审查，否则将再审申请作为一般信访处理，不予立案审查。这种立案模式模糊了再审立案标准与再审改判标准。由于标准严格，且不易掌握，导致了部分再审申请人申诉无门而又申诉不止的现象时常发生。
（二）审查组织与审查方式不规范，缺乏公开与透明
有的法院组成合议庭对再审申请进行审查，决定驳回或裁定再审；有的只由审判人员一人进行审查，认为申诉没有理由的，拟出法律文书报主管领导径直驳回；认为可能有错误的，由主办人提交合议庭评议决定。对需要启动再审的案件，有的法院规定必须经合议庭评议报主管院长同意并提交审判委员会讨论决定。在审查方式上，有仅根据当事人提交的再审申请材料直接审查的；有调取原审卷宗书面审查的；有组成合议庭要求当事人一方或双方当事人公开听证的等。审查组织与审查方式随意性大，对当事人没有告知程序，当事人对审查结果往往难以接受，导致申诉不断。
（三）审查期限过长，效率低下
对再审申请的立案审查期限，虽然实践中各地法院根据自身情况均作出了规定，如一个月或三个月等。但在实际执行中，由于各种原因，往往得不到严格执行，超审限结案现象普遍，常导致一些明显错误的生效裁判得不到及时纠正。
（四）法律文书样式不统一，格式不规范
如对当事人的“申请再审理由不成立、予以驳回”的法律文书，有的采用“不予立案再审通知书”；有的采用“驳回申请再审通知书”等。文书的内容过于简单，没有针对再审申请理由进行有针对性的评述，说理不透彻，使当事人难以服判息讼。
上述民事再审立案审查程序中存在的问题，一方面缘于立法的缺失，再审立案审查无法定程序可遵循，各地法院做法不一也就在所难免；另一方面，更为重要的是，长期以来，无论是理论界，还是司法实务部门，没有将再审申请看作是当事人的一项诉讼权利，而仅将其作为民主权利的申诉处理，采取行政手段的办法解决，具有明显的非程序化、不规范的特征。再审申请人缺乏有效的程序保障，也无来自程序的约束，结果也就出现了申请再审难与当事人申诉不断等问题，影响了司法的公正与权威。
