3、协议管辖范围狭小，选择有限。协议管辖制度的本质是在管辖法院的选择上尊重当事人的程序主体性地位，通过当事人的自主协商以契约的形式确定管辖法院，有利于在管辖制度中实现诉权保障的自主平衡。但我国现行协议管辖制度的适用范围过于狭小。一是协议管辖制度适用的案件范围非常有限，不利于某些案件中的诉权保障。根据我国民事诉讼法的规定，协议管辖只适用于合同纠纷案件，且通说认为，合同纠纷案件仅限于经济合同纠纷案件。随着我国市场经济的迅猛发展，不同地域主体间的民商事交往不断增加，跨地域的与经济合同未必有直接关系的各种财产纠纷大量产生，协议选择的范围过窄已不适应纠纷解决的客观需要。二是理论上的解释过于严格，造成司法上对当事人诉权自主保障的限制过严。一般的观点均认为，如果双方当事人选择管辖的协议不明确或者选择两个以上的法院管辖都是无效的，这就更加限制了当事人对协议管辖的利用。因为当事人一般的对法律规定熟悉不多，《民事诉讼法》第25条也并未明确规定只能在法定范围内作出唯一的选择，否则协议无效，当事人在协议上文字表述不够规范，或作出多项选择都是可能的。三是否认默示协议管辖，造成立法上对当事人的诉权自主保障限制过严。默示协议管辖又称推定管辖，是与明示协议管辖相对应的一种协议管辖方式，它是指双方当事人之间既没有独立的明确的管辖权协议，合同中也没有选择管辖法院的条款，只是当一方当事人在法院起诉后，另一方对该法院行使管辖权不提出异议，无条件地应诉或在该法院提出反诉，从而推定其承认受诉法院有管辖权。我国虽然在民事诉讼理论上承认管辖恒定，包括原告向并无管辖权的法院起诉，法院受理后，被告未在答辩期内提出异议的，无管辖权的法院不再对案件进行移送，实行管辖恒定。但管辖恒定是从国家司法权力的行使角度而言的，并非基于当事人的诉权保障，且缺乏明确的法律规定。同时由于否认默示协议管辖，即使被告进行应诉或提出反诉，当事人的诉讼行为仍有可能因受理原告起诉的法院无管辖权而无效，降低诉讼效益，对原被告双方当事人的诉权行使均带来不便。
4、管辖权异议总体偏严，功能不足。现行民事诉讼法之所以规定管辖权异议，一是与民事诉讼法保障当事人充分行使诉权这一首要任务相一致；二是有利于克服地方保护主义。[8]而克服地方保护主义的实质也在于保障当事人的诉权。由于“管辖法院已成为当代诉讼中的‘兵家必争之地’”，“‘争取到有利于自己的管辖法院，胜诉就有了一半的把握’，所以管辖权异议也就成为当事人通常的一种武器。”[9]可见其对当事人诉权保障的重要性。但是，由于我国民事诉讼法第38条关于管辖权异议的规定过于抽象，对于有资格提起异议的主体范围规定十分原则，对于提起管辖权异议的客体范围和时间限制过于刚性，影响了对各方当事人的诉权保障。首先，提起管辖权异议的主体范围过窄，对部分当事人的诉权保障不利。我国民事诉讼法规定的提起管辖权异议的主体范围使用的是“当事人”一词，而第245条的规定却使用的是“被告”一词。按照我国民事诉讼理论，当事人这一概念有广义和狭义之分。狭义的当事人仅指原告和被告，而广义当事人还包括共同诉讼中的第三人、诉讼代表人等。因此主体范围成为管辖异议制度中争议较大的问题。[10]其次，管辖权异议的客体范围有限，对当事人的诉权保障不力。主要是对于裁定管辖是否可以纳入管辖权异议的范围，即当事人对于法院指定管辖、移送管辖、管辖权转移的裁定是否可以提出异议，存在很大争论。例如对于管辖权的下放性转移，因其可能损害一方当事人的程序权益，应该允许提出异议；指定管辖只能由上级法院直接做出或根据下级法院的申请做出，没有赋予当事人申请指定管辖权利。再次，提出异议的期间不合理，不利于诉权的充分保障。我国民事诉讼法将提出异议的期间规定为提交答辩状期间，答辩期间当事人未提出的，视为对管辖权无异议或放弃异议。为防止诉讼延滞，避免管辖异议成为恶意当事人拖延诉讼的手段，如此规定无疑是必要的，但也不宜绝对。例如导致法院无管辖权的事实发现或发生在答辩期满后；或者其他共同诉讼人或第三人在答辩期满后才参加到诉讼中来，并发现该法院不存在管辖权，若让该诉讼继续下去，肯定导致不公正的结果等，若不赋予当事人在答辩期满后提出管辖权异议的权利，也是对诉权保障不利的。
