近年来，法院受理民办学校相关案件数量呈现增长趋势，其中因资不抵债无法继续办学的清算纠纷占有较大比重。民法上的清算程序有两种方式：一是普通清算，适用于非因破产的企业法人解散，由企业自行或主管机关组织清算。二是特别清算，是指企业法人被宣告破产后，由人民法院组织的清算，以及在普通清算过程中，发现可能出现资不抵债情形时，由人民法院组织的清算。
坚持依法清算，是民办学校有序退出市场的程序保障，也是民办教育事业可持续性发展的重要前提。民办教育促进法第五十八条规定，“民办学校终止时，应当依法进行财务清算。民办学校自己要求终止的，由民办学校组织清算；被审批机关依法撤销的，由审批机关组织清算；因资不抵债无法继续办学而被终止的，由人民法院组织清算。”该法规定的第一、二种情形属于普通清算，由民办学校或审批机关进行清算；第三种情形属于特别清算，即破产清算，由人民法院组织清算，但对于破产清算的申请主体以及清算程序等问题未作进一步的明确。
2003年安徽省人大常委会向全国人大常委会法工委请示：一是民办学校因资不抵债无法继续办学的，由哪个机关作出终止决定？是由法院决定还是由审批机关或政府决定？二是法院组织清算的操作程序依据什么规定来进行？全国人大常委会法工委答复，从法律角度说，中学的终止及清算问题涉及对该校性质的认定，如果该中学是个人独资企业，可适用个人独资企业法关于个人独资企业的解散和清算的规定。
2005年8月广东省高级人民法院向最高人民法院就深圳市宝安区教育局申请华茂学校、建华职院终止清算案请示，最高人民法院答复：“人民法院根据民办教育促进法第五十八条的规定对因资不抵债无法继续办学而被终止的民办学校组织清算时，如果该民办学校不属于企业法人，则可以参照民事诉讼法中的破产还债程序进行清算。其债务清偿顺序应当适用民办教育促进法第五十九条规定。”
