知识产权法的价值冲突发生在知识产权法的价值实现的各个环节。既有正义与效益的冲突，也有各相关利益主体价值观念的冲突，如同一主体基于不同因素的考虑或不同主体各自切身利益对同一法律价值产生不同的认识和价值期求。在知识产权法的形成制定阶段，它集中反映在对知识产权法的价值认识不同的立法者的不同的立法主张，这种主张有两个方面的内容：某一法律应否制定及某一具体法律规范如何进行规定。例如，面对我国名胜古迹名称和旅游景点名称被大量抢注为商标的情况，是由商标法规范，或是由反不正当竞争法规范，抑或留给道德规范? 如果由商标法规范，则有允许注册和不予注册并禁止作商标使用两种选择，选择前者，则选择了效益价值，但如何规范名胜古迹名称和旅游景点名称的商标使用行为，则关系到商标法的和谐价值实现问题；选择后者，则能有效地避免抢注行为，维护了和谐局面，但实质上不仅有违正义价值，也与效益价值不一致，因为这样规范也同时剥夺了名胜古迹和旅游景点经营者利用注册商标对名胜古迹和旅游景点进行维护和产业开发的权利，这种和谐也不是我们所倡导的知识产权法的和谐价值。如果由反不正当竞争法规范，则针对性不强，而留给道德规范，则是维持现状。在知识产权法的实施过程中，价值冲突大概表现为执法者和司法者对相同案件选择不同的处理方式以及守法者对同一法律的不同理解两种情况。前者如前述的“上岛咖啡”案的一审与二审的不同判决，后者如人们对商标显著性之要求的不同理解、对著作人身权性质的不同理解等等。
可见，解决知识产权法的价值冲突，保证知识产权法的和谐价值的实现，就必须把和谐价值的理念贯穿于知识产权法的制定和实施的全过程中。因此，我国目前应采取以下几方面的措施：
首先，在立法上把和谐确立为知识产权法的终极价值。为此，必须加强对法的和谐价值的理论研究。理论是观念的升华，也是制度的基础。古往今来，尽管“和谐”思想源远流长，但将“和谐”上升为法的价值，并形成法律制度，在我国社会主义法治建设的过程中，还是一个崭新的重大课题。只有在理论上进行深入的研究，才能为和谐法律制度的建立奠定坚实的基础。
其次，在和谐价值目标的指引下，进一步完善知识产权法的各项制度。一是确立知识产权适度保护和利益分享的原则。遵循我国所加入的国际条约的最低保护要求的基础上，确立适度保护和利益分享的原则，不仅是贯彻知识产权法的和谐、正义和效益目标的体现，也是制止知识产权滥用和垄断的必要依据。长期以来，知识产权保护采取的“许可权加禁止权”的强势保护模式，使创新者利用知识产权构筑了牢固的技术壁垒，加剧了创新者与使用者、社会公众在技术资源分配上的严重失衡，强化了发达国家与发展中国家在知识产权保护上的冲突。知识产权制度的发展已经证明，严厉和过度的保护措施不仅会纵容知识产权的滥用，甚至还可能窒息创新。联合国在《人类发展报告》中指出，根据世界银行对80个国家进行的调查结果显示，知识产权保护措施如果过于严厉，反而会限制企业的竞争乃至创新活动。开源软件也是反抗知识产权数字环境下强化保护的产物之一。[25] 因此，贯彻知识产权法和谐价值就必须确立知识产权适度保护和利益分享原则。在此原则的指导下，知识产权法应该合理弱化知识产权保护，关注社会公众能力的培养和建设，促使创新者与使用者的互利，增进社会以及经济福利。尤其是在知识产权与公众健康权冲突的法定情况下，创新者不仅有道德上的义务，而且更应该有法律上的义务去帮助技术上的弱者，让自己的创新成果成为公众共享的财富。知识产权制度在发达国家的长期的运行中已经形成的坚固的技术壁垒、技术资源分配的严重失衡和技术伦理的失调， [26]已经充分说明了知识产权法确立这一义务的必要性。二是恰当地将知识产权法的和谐价值贯穿于知识产权法的具体规则中，增强知识产权法的可操作性。法的价值是以具体的法律规范和法律原则的形式体现出来的，因此，知识产权法的价值冲突的协调，完全依赖于知识产权法的可操作性程度，依赖于知识产权相关利益主体的权利、义务和责任的肯定化、明确化和具体化， 例如商标法对“有碍于社会主义道德风尚和不良影响的”认定标准缺乏明确具体的界定，导致商标注册申请人和相关执法人员难以把握。商标确权程序的繁复和漫长，导致商标恶意异议和争议案件的滋生， [27]对商标权限制不明确导致商标权滥用现象严重。专利法对“新颖性采用混合新颖性标准，成为一些在我国国内已经使用过的传统知识不能纳入现行知识产权法保护范围的原因之一，而被发达国家当作公有信息使用，并在此基础上获得专利权，用于限制我国传统知识拥有者的使用， [28]对“创造性”标准缺乏明确具体的界定，导致一些知识产权案件久拖不决。[29]在著作权法上，人们对著作人身权的移转问题存在着两种截然不同的看法，究其原因在于著作权法对“人身权”的性质界定不清。可见，知识产权相关利益主体的权利、义务和责任的肯定化、明确化和具体化，是协调知识产权法的价值冲突的根本途径。
