可以说，我国行政垄断泛滥与行政系统的整体协调差有很多关联。全局性的国家垄断被动摇后，地方政府和经济主管部门的行政权力得到加强。但由于体制改革仍处于磨合阶段，行政性分权不明确、不清晰，加上对地方政府和经济主管部门的政绩考核与其经济利益相挂钩，这使得这些行政主体在行政执法中，从本地区、本部门的利益出发，采取了各种保护主义。各自为政，分割市场。此外，各地区、各部门都有规范性文件，往往就同一问题确定了一系列规章制度。这些规章制度从自身角度出发，许多规定不一致，甚至相互冲突。这样“政出多门”，导致“管辖重叠、多头执法、相互牵制”等现象颇为普遍，不仅严重影响行政效率，并且可能伤害到国家利益和社会利益。
综上所述，我国现行的行政体制离依法行政还有着一段距离。也正是由于行政权力膨胀，缺乏必要的监督制约机制，权力义务不对等的行政法权基础，整个行政系统缺乏整体协调等原因，我国的行政体制成为了滋生行政权力滥用的土壤，成为了行政垄断成长的温床。
二、行政体制改革破除行政垄断
当然，行政体制上的原因只是为行政垄断的产生提供了一个可能性条件，行政垄断的形成和存在有着深刻的历史原因和体制根源，除行政体制原因外，还有经济体制、法制、社会意识等多方面的成因。因此，规制行政垄断是一个需要全局规划的大工程，而其中，进行行政体制改革、完善行政体制必然是一个重要的环节。具体如下：
（一）以国家权力制衡行政权力的膨胀扩张
首先是加强对行政权力的立法限制，特别是加强对行政自由裁量权的法律限制，而对行政权力的行使上也要从程序上加强限制。
我国在行政体制改革的过程中，加强了有关行政立法，取得了一定的成就。如前文所提到的行政许可，针对我国行政许可“滥”而“乱”、易孳生腐败的现象，十届全国人大常委会第四次会议于8月27日通过了《中华人民共和国行政许可法（草案）》。这部法律规定，只有下列六类事项可以设定行政许可：直接涉及国家安全、公共安全、经济宏观调控、生态环境保护以及直接关系人身健康、生命财产安全等特定活动，需要按照法定条件予以批准的事项；有限自然资源开发利用、公共资源配置以及直接关系公共利益的特定行业的市场准入等，需要赋予特定权利的事项；提供公众服务并且直接关系公共利益的职业、行业，需要确定具备特殊信誉、特殊条件或者特殊技能等资格、资质的事项；直接关系公共安全、人身健康、生命财产安全的重要设备、设施、产品、物品，需要按照技术标准、技术规范，通过检验、检测、检疫等方式进行审定的事项；企业或者其他组织的设立等，需要确定主体资格的事项；法律、行政法规规定可以设定行政许可的其他事项。同时规定，设定行政许可，应当采取听证会、论证会等形式听取意见，并向制定机关说明设定该行政许可的必要性、对经济和社会可能产生的影响以及听取和采纳意见的情况。 27日通过的行政许可法还明确禁止以政府规章或决定的形式，限制其他地区的商品在本地销售等此类地方保护主义的做法。规定可以设定行政许可的事项，尚未制定法律、行政法规的，地方性法规可以设定行政许可；尚未制定法律、行政法规和地方性法规的，因行政管理的需要，确需立即实施行政许可的，省、自治区、直辖市人民政府规章可以设定临时性的行政许可。临时性的行政许可实施满一年需要继续实施的，应当提请本级人民代表大会及其常务委员会制定地方性法规。从上述的解读中，可以看到这部行政许可法开始明确行政权设定的权限和范围，并设计了监督、控制程序。原本行政许可混乱的局面有望得到解决，而在混乱中生存的大量行政垄断行为也会失去继续存在的空间。
