尽管马克思、恩格斯对空想社会主义及其改良思想进行了批判，但他们依然认为在无产阶级取得国家政权后，合作社是实现资本主义私有制向社会主义公有制过渡的有效组织形式。恩格斯在1886年致倍倍尔的信中说：“在向完全的共产主义经济过渡时，我们必须大规模地采用合作生产为中间环节，这一点马克思和我从来没有怀疑过。但事情必须这样来处理，使社会（即首先是国家）保持对生产资料的所有权，这样合作社的特殊利益就不可能压过全社会的整个利益。”[11]为了避免向公有制过渡过程中不切实际的激进作风，保证土地国有化改造道路的有效进行，恩格斯认为无产阶级一旦掌握政权，首先应把土地产权交给（租给）在国家领导下独立经营的合作社，使国家仍然掌握着土地的所有权。“我的建议要求把合作社推行到现存的生产中去，正像巴黎公社要求工人按合作方式经营被工厂主关闭的工厂那样，应该将土地交给合作社，否则土地会按照资本主义方式去经营”，[12]恩格斯在其《法德农民问题》中系统论述了无产阶级夺取政权后，[13]采取自愿、示范和国家帮助的原则发展农业生产合作社的思路。但是，马克思、恩格斯所构想的合作社并不是长久存在的组织形式，而是一种转向共产主义高级阶段的过渡形式，通过“联合起来的合作社按照总的组织全国生产”走向生产资料的全国性集中。这种“过渡性”合作社思想对后来社会主义国家合作社价值和法制度的选择产生了巨大影响，“过渡论”成为列宁早期施行的“共耕社”[14]、斯大林的集体农庄、毛泽东领导的农业合作化和人民公社运动以及其他社会主义国家的合作社实践及合作社立法的指导思想。
列宁捍卫并发展了马克思、恩格斯的合作社理论。列宁在革命成功的初期积极实践马克思、恩格斯的合作社思想，试图通过大力发展合作社实现“按照共产主义原则，依靠已经建立的无产阶级政权把社会化的生产资料和土地收归国有，消灭商品生产，实行有计划有组织的分配”的战略纲领，除了对资本主义社会遗留的消费合作社进行利用改造之外，农业经济大规模的“共耕社”运动是列宁改造小农经济的重要举措。在《论合作社》一文中，列宁对合作社的性质、作用进行重新审思和认识。他认识到直接通过“共耕社”把小农过渡到社会主义的思路过于冒进和简单化，认为要改造小农经济，必须以对小农有利、简便易行和容易接受的形式，才能使全体农民都积极参加，而广为农民熟悉的流通领域的合作社是最好的选择。因为这种合作社“发现了私人利益即私人买卖的利益与国家对这种利益的检查监督相结合的合适程度，找到了使私人利益服从公共利益的尺度，而这是过去许许多多社会主义者碰到的绊脚石”。[15]基于这种认识，列宁对合作社的性质进行了重新定位：“现存制度下合作社是集体企业，但它和社会主义企业没有区别。”[16]列宁对社会主义制度下合作社的定位，既不同于西方国家经典合作社，也与恩格斯在《法德农民问题》中论述的合作社有较大的区别。这种把合作社企业完全等同于社会主义的集体企业的思想，影响了后来社会主义国家合作社理念的确立，导致社会主义国家政府及学者对合作社价值功能认识的偏差和混乱。
斯大林继承了列宁的合作社事业，但1927年苏联发生的粮食危机却导致斯大林的合作社思想发生了重要转折。斯大林认为粮食危机的主要原因是富农的囤积粮食和小农的生产率低下，出路在于发展大规模的农业生产，斯大林由此形成了“农业集体化”思想。斯大林认为“必须逐步而坚定不移地把出产商品最少的个体农民经济联合为出产商品最多的集体经济，联合为集体农庄”，[17]斯大林的集体农庄是合作社追求的高级形式，“集体农庄是整个合作社运动不可分割的组成部分，也是列宁的合作社计划不可分割的组成部分。实行列宁的合作社计划，就是把农民从销售合作社和供应合作社提高到生产合作社，提高到所谓集体农庄的合作社”。[18]“现在我们应当采取的方针不是建立公社而是建立作为集体农庄建设的主要形式的农业劳动组合，绝不允许跳过农业劳动组合而径直成立公社。因为农业劳动组合正确地把庄员的个人生活利益和他们的公共利益结合起来，成功地使个人生活利益适应公共利益，所以在目前条件下是集体农庄运动的唯一正确的形式”。[19]
