此后，1997年台湾地区在对该条例进行增订和修正时，于第74条增加了第3项规定，即“前两项规定，以在台湾地区做成之民事确定裁判、民事仲裁判断，得声请大陆地区法院裁定认可，或为执行名义者，始适用之。”这就意味着第74条除了体现公共秩序保留原则外，又增加了对等原则，亦即大陆地区的民事判决欲在台湾地区获得认可，必须以大陆地区也承认台湾地区的民事判决为前提。对此，台湾有学者认为，若一个他法域的判决对当事人给予完整的程序保障，判决已经具备了个案的正当性，应使取得实质上的确定力，若再以互惠否定判决的正当性，理论上并无依据可言，但此要件因1998年5月26日祖国大陆出台的《关于认可台湾地区法院民事判决的规定》而获得解放。[8]
时隔不久，与“两岸关系条例”相配套的“台湾地区与大陆地区人民关系条例实施细则”于1998年5月6日作出修正，其中第54条规定：“依本条例第74条规定申请法院裁定认可之民事确定裁判、民事仲裁裁判，应经行政院设立或指定之机构或委托之民事团体验证。”按照这一规定，大陆地区作出的民事判决和仲裁裁决要经过台湾海基会的验证，这实际上增加了当事人在台湾地区法院申请与执行大陆地区法院判决的难度。
就台湾地区的相关规定而言，尽管增加了对等的前提条件与验证等程序性环节，但台湾地区认可和执行大陆地区法院确定裁判的实质性要件只有一个，即不违反公共秩序与善良风俗。较之台湾“民事诉讼法”第402条关于外国法院确定判决效力承认之规定，显然相当宽松。（注释1：台湾地区“民事诉讼法”第402条规定：“外国法院之确定判决，有下列各款情形之一者，不认其效力：1．依中华民国之法律，外国法院无管辖权者。2．败诉之被告未应诉者。但开始诉讼之通知或命令已于相当时期在该国合法送达，或依中华民国法律上之协助送达者，不在此限。3．判决之内容或诉讼程序，有背中华民国之公共秩序或善良风俗者。4．无相互之承认者。前项规定，于外国法院之确定裁定准用之。”）不过，由于“公共秩序”和“善良风俗”都是不易确定内容的概念，其灵活性正赋予了限制理由的广泛性。因此，大陆地区的判决能否在台湾被认可取决于两岸关系的发展状况，一定程度上带有不可预见性。[9]
尽管如此，应当充分肯定“两岸关系条例”有关认可与执行大陆民商事裁判的规定对于两岸民事司法协助所具有的积极意义。该条例颁布后，也有一些大陆法院的民商事裁判在台湾地区得到认可与执行。如1999年10月15日，台湾板桥地方法院认可海南省海口市中级人民法院民事判决。这是涉及财产给付的大陆地区人民法院的民事判决向台湾地方法院申请强制执行并得到台湾地方法院认可的第一件民事判决。[10]在仲裁方面，台湾也有认可大陆仲裁裁决的先例。（注释2：如2003年6月24日台湾台中地方法院裁定认可中国国际经济贸易仲裁委员会（2003）贸仲裁字第0015号裁决书。参见林俊益：《评第一件大陆仲裁裁决在台湾声请认可案》，www.sls.org.cn/all> show detail.jsp？mainid=186&id=1860000017。）
