概括起来，人民调解制度存在或面临的问题主要包括：
1.随着改革开放的逐步深入和社会主义市场经济的不断发展，社会经济成分、利益关系和分配方式等日益多样化，各种利益关系不断调整变动，利益冲突和摩擦不断出现，各种纠纷大量增加，社会矛盾日益复杂，矛盾纠纷的主体、内容日益多样化、复杂化，民间纠纷呈现出许多新的特点。原有人民调解的法律保障、工作范围、组织形式、调解程序、工作方法、队伍素质等已经不能完全适应新形势的需要。
2.改革开放以来，中国不断加强法制建设，法治观念逐渐深入人心，通过司法实现正义逐渐成为社会共识，诉讼成为纠纷解决的主要途径。但与此同时，民间调解、私力救济等纠纷解决方式被不适当地置于诉讼或法治的对立面，受到这种法治、司法中心观念的排斥和抑制。
3.人民调解协议的性质和效力长期以来没有明确的法律规定，这导致人民调解缺乏权威，效力微弱，当事人的合法权益得不到有效保障。调解协议往往成为一纸空文，许多达成调解协议的纠纷最后仍需通过诉讼方式来解决，增加了当事人的纠纷解决成本，既使得当事人不愿意选择人民调解来解决纠纷，还浪费了社会资源。调解协议没有拘束力和执行力，人民调解制度缺乏彻底解决纠纷的权威，不仅严重抑制了人民调解员的工作积极性，也动摇了当事人对调解组织的信任，导致当事人对人民调解的回避，从而最终引致调解制度的萎缩。
4.调解组织不健全。不少村民委员会和居民委员会没有调解组织，或者虽有调解组织，但却没有专门的调解人员，调解人员由其它干部兼任。同时，国家有关部门，特别是政府和司法机关，对人民调解的制度支持力度不够，对人民调解委员会工作的指导和监督也没有落到实处。
5.人民调解员的素质不高。人民调解员来自基层，法律知识和文化水平普遍不高，严重制约着调解工作的开展。2001年全国共有人民调解员779万多人，高中（中专）以上文化水平的只占55%，调解人员的素质有待进一步提高。由于调解人员人数众多，扎根基层，加上离退休人员多，所以，要求达到高中以上文化水平已经算是“高标准”了。《人民调解工作若干规定》第14条第2款尽管已适当提高了乡镇调解人员的条件，但也只是规定：“乡镇、街道人民调解委员会委员应当具备高中以上文化程度。”事实上，随着社会的发展，民间纠纷越来越呈现出多样化、复杂化、专业化的特点，即便调解人员具有高中文化程度也是难以应付的。此外，调解人员的积极性也不高，原因是调解工作几乎没有任何激励——他们没有编制，没有专门资格，完全是义务工作，调解工作与经济待遇不挂钩；另一方面，工作压力大，工作不定时，特别是责任重大。
6.人民调解的工作过程和方法本身存在许多缺陷，削弱了这一制度的效用充分发挥。比如，调解人员与当事人往往居住在同一社区，容易受到各种利害关系的影响，难于保持中立性；调解人员可能迁就封建习俗，迁就势大力强者；调解方法简单生硬；以罚代调，越权处罚；调解人员对罪与非罪、违法与合法的界限不清；调解人员在调解民间纠纷的过程中，过分强调“和为贵”，倾向于“折中”、“调和”、“各打五十大板”[4]，而不注意查明事实、分清是非，依据法律、法规、规章、政策和社会公德进行调解。人民调解在实践中存在的这些缺陷，会导致当事人的合法权益得不到公平、适当和及时保护，从而造成调解工作的被动和无效。
