不过，《证据规定》关于举证责任分配原则的规定也存在一个缺憾和留下一个悬而未决的问题。
仅对合同案件举证责任的分配原则作出规定，未设置可适用于整个民事诉讼的举证责任分配原则，是其不足之处。在民事诉讼中，需要分配举证责任的，显然不止是合同案件。合同属于法律行为的一种，除合同外，法律行为还包括立遗嘱等单方的法律行为；合同又属于债的一种类型，但民法中除了合同之债外，还有因侵权行为、无因管理、不当得利引起的债。此外，民事权利除了债权之外还有物权。知识产权、继承权、人身权。因此，无论从哪个角度说，仅就合同诉讼规定举证责任分配的原则是远远不够的。从大陆法系国家关于举证责任分配的法律规定和学说看，一般也是从民事权利或者民事权利和民事法律关系这一层面进行的。从外国法律关于举证责任分配原则的规定看，有两种立法例。一种是规定在债中，如法国民法典第1315条规定：“请求履行债务的人应当证明债之存在”。“与此相对应，凡主张其已清偿债务的人，应当证明其已经进行清偿或者证明有引起债务消灭的事实。”另一种是规定适用于整个民事权利的分配原则，如1942年的意大利民法典第2697条规定：“在法庭上提出权利的，必须证明形成该权利基础的事实。主张该事实无效，或者该权利已经改变或者消灭的人，必须证明反驳所依据的事实。”值得注意的是，尽管第一种立法例是针对债权关系设定的举证责任分配的原则，但这些国家的司法实务和学术研究都没有局限于债权。普遍的认识是，该规则对整个民法典都是有效的，应当归人民法总则部分。笔者认为，更为合理的选择应当是从民事法律关系这一更一般、更抽象的层面设定分配举证责任的原则，因为民法调整后形成的社会关系无非是民事权利义务关系，当事人在诉讼中争执的也无非是民事权利义务关系。
留下的未决问题是，关于合同案件举证责任分配的原则，《证据规定》也只是确定了一个大的框架，但仅根据这一大框架，不对产生合同的事实作进一步分类，还无法完全解决民事举证责任的分配问题。
在合同诉讼中，原告通常是主张合同权利存在，并依据该权利要求被告履行合同义务并承担违约责任的一方，因此，原告所要证明的不仅仅是双方订立了合同，而且要证明双方存在合法有效的合同关系。合同关系成立与合同有效在民法中是不同的概念，具有不同的判断标准，需要由不同的要件事实来支持。如果仅仅是合同关系成立，主张权利的一方仅需要证明双方当事人已就合同的主要条款达成一致的意思表示即可。而合同权利的存在，除了需要有意思表示一致之外，还需要行为人有相应的民事行为能力、意思表示真实、内容合法的要件。如果合同是由代理人签订的，还须经本人合法授权。所以，在举证责任分配问题上还需要进一步明确，主张权利的一方是需要对产生合同权利的全部要件事实负举证责任，还是仅需要对其中的特别要件事实负举证责任。正是在这个问题上，学说上存在着分歧。
上述问题的争论由来已久，德国学术界有非全备说和全备说之争。非全备说是相对于全备说而言的。非全备说下集合着各种不同的学说，包括特别要件说、因果关系说、最少限度事实说及在德国学术界产生重大影响并长期为德国法院所采用的罗森伯格（Rosenberg）的法规分类说。前三种学说尽管在解释和立论上有所不同，但它们都把依意思表示而产生权利的事实一分为二，一类为产生权利的事实（特别要件事实、原因事实、最少限度事实），一类为妨碍权利发生的事实（一般要件事实、条件事实、权利障碍事实）。在合同案件中，前者是指双方当事人订立合同的事实；后者是指行为能力欠缺，因欺诈、胁迫等导致意思表示不真实的事实。主张合同权利的人只需要就第一类事实负举证责任，第二类事实的举证责任由否认权利的一方负担。罗森伯格的学说则是把上述妨碍权利发生的事实作进一步区分，将它们细分为权利妨害的事实（如不具备相应行为能力）和权利受制的事实（如欺诈、胁迫、时效届满等）。按照罗森伯格的学说，主张权利的人只需对产生权利的事实负举证责任，妨碍权利的事实、权利受制的事实及消灭权利的事实均由否认权利的相对方负举证责任。
全备说是指德国学者莱昂哈德（Leonhard）的学说。莱氏于1904年出版了《举证责任》一书，他在该书中提出，主张法律效果成立之当事人，就发生该法律效果所必须法律要件的一切有关事实，应负主张和举证责任。对方当事人则应对法律效果变更或消灭所必须法律要件的一切有关事实负举证责任。显然，莱昂哈德反对把产生权利的事实一分为二或一分为三的作法，他认为这些事实都属于产生权利的事实，都应当由主张权利的一方负举证责任。莱昂哈德在建立自己的学说时，也注意到了如果在诉讼中要求主张权利的一方对产生权利的全部法律要件事实主张并证明，诉讼将变得异常复杂，诉讼效率会因此而大为降低。他试图通过区分客观举证责任和主观举证责任处理这一棘手问题。他提出，主张权利的一方只要主张并证明产生权利的特别事实，至于具备相应的行为能力等一般要件事实，是被默示地认为其存在，不必主张和证明，而否认权利的一方如认为不具有相应的行为能力等，则应在诉讼中提出并提供相应的证据证明。但该方当事人此时所负的仅仅是主观的举证责任（即提供证据的责任），客观的举证责任（败诉风险）仍然在主张权利一方。若法官最终仍无法确定行为能力是否存在，承担败诉后果的仍然是主张权利者。
