采用依申请审查还是依职权审查取决于设置排除非法证据规则的目的。如果排除的目的主要在于保护合法权益受到侵害的一方当事人，则应当由受害人本人决定是否请求法院予以排除。这一方面是由于非法取证行为既然侵害的是受害人的人身权、财产权这些民事权益，受害人作为权利主体，对这些权利是享有处分权的，在权利受到侵害的时候，自应由他本人来决定是否请求法院的保护；另一方面，法院作为民事纠纷的裁判者如主动对非法取证的受害者提供保护，有违反“不告不理”之嫌，更何况排除非法证据还常常意味着非法取证当事人的合法民事权益会因此而无法获得保护，非法取证受害方却可以免于承担原本应当承担的侵权责任或违约责任。相反，如果把非法取证看作是一种破坏社会秩序的行为，排除非法证据主要是为了维护正常的生活秩序，法院对此进行主动审查便是有充足理由，也是必要的。
笔者认为，就设置非法证据排除规则的目的而言，我们最好把它看作是保护受非法取证行为侵害的人的权益，尤其是对方当事人的隐私权。因为如果我们把它看作是破坏社会公共秩序的行为，就应当用刑法来防范这类行为，追究刑事责任显然是制止这类行为最直截了当、最有效的方法。从非法取证的实际情况看，其侵害的一般都只是对方当事人或第三人的人身权或财产权，构成民事侵权而非刑事犯罪，所以，采用依申请审查的模式是恰当的。
具体来说，对证据合法性的质疑可以作为当事人的一种异议权。异议权，又称责问权，是当事人对违法的诉讼行为提出责问，表示异议的权利，即“当事人得手法院或他方当事人之诉讼行为违背诉讼程序之规定时，提出异议，主张其无效的诉讼上的权能。”异议权是可以放弃的，当事人可以通过明示或默示的方式放弃其异议权。在诉讼中，当事人对于以侵害其合法权益方式获得的证据，可能会请求法院排除，也可能出于这样或者那样的考虑不要求法院排除，在当事人不提出排除的请求时，应视为违法性已得到治愈，法院应当尊重当事人的选择，不再审查该证据是否合法取得的问题。此外，异议权的行使还应限定在适当的时间内。当事人应当在质证时提出异议，末提出异议的，视为对异议权的放弃。
二、证明责任：提出方还是异议方承担
在一方当事人提出某一证据资料，另一方当事人对该资料的合法性提出质疑时，双方当事人便在证据的可采性上发生了争议，法庭需要对这一争议做出裁决。那么究竟应当由哪一方当事人对此举证，是由提出方举证证明证据是以合法方式获得，还是由异议方举证证明证据是采用非法方式收集的呢？证明的结果可能产生证据合法取得还是非法取得真伪不明的状况，对此真伪不明导致的不利诉讼后果应当由哪一方当事人承担呢？这便是非法证据排除规则适用中的证明责任承担问题。
