非法证据排除规则确立后，理论界和司法实务部门已发表了不少研究这一规则的文章，分析了该规则的价值、功能、适用范围、应当排除的证据的类别等，对正确理解和适用这一规则无疑具有积极的意义。但是，这些研究主要集中在该规则的实体方面，而对适用过程中的程序问题关注较少。为此，本文着重考察证据排除中的程序问题，在此基础上，对规则的重新建构做出一定的探讨。
一、合法性审查程序的启动：依申请还是依职权
一旦把非法证据排除规则运用于诉讼实务，首先遇到的问题便是应依当事人申请还是由法院依职权对证据的合法性进行审查。这既涉及到对证据是否合法的审查程序由谁启动的问题，又涉及到究竟是由法院还是由当事人对证据的合法性审查负责的问题，进而关系到倘若疏于审查而致非法证据被法院作为裁判的依据时，是应由法院承担责任还是当事人自己承担责任的问题。具体言之，如果当事人在一审或原审中未对证据的合法性表示异议致使法院在裁判中采信了非法证据，他能否在上诉中或者申请再审中指责法院裁判有错误；在当事人未把法院来信非法证据作为上诉或者申请再审的理由时，法院是否应当主动审查并纠正这方面的错误。所以，这是一个意义远远超出表象的极具重要性的程序问题，不可不予深究。
关于证据合法性的审查程序，有三种方案可供选择：第一种是全部由法院依职权进行审查，即不问当事人在质证时是否对证据合法取得提出质疑，法院在调查证据时都应当把取证的手段、方法列入其审查范围，主动审查当事人在收集证据时是否对他人的合法权益造成了严重的侵害，是否使用了法律所禁止的调查取证的方法；第二种是将两类非法证据区别对待，对因侵犯他人合法权益而成为非法证据的实行依申请而审查，而对因采用法律禁止的方法成为非法证据的法院应主动审查。区分的理由是这两种非法取证行为性质不同，侵害的法益不同，审查的程序自也应当有所区别。其中法律明文禁止的行为，往往是性质严重违法的行为，法律之所以禁止这类行为，既在于保护某个潜在的特定受害人，同时也是为了维护社会的公共秩序、公共利益。第三种方案是对这两类非法证据一视同仁，同等对待，均实行依当事人申请而审查。
第一种方案实际上是要法院对证据的合法性负责，在这一责任制下，法官若疏于审查，将非法证据运用于事实的认定，当事人即可对判决的合法性提出质疑，通过上诉甚至申请再审来撤销这一不合法的判决。在这一方案中，法院责任大而当事人责任小是显而易见的。第二种方案将两类证据区别对待，是一个折中的方案，实际上是让当事人和法院分别对非法证据的审查承担责任。第三种方案与第一种完全相反，是让当事人负担起审查证据合法性的责任，若当事人不主动质疑证据的合法性而致使它成为裁判依据，那么责任便在当事人，要由当事人对自己的疏忽负责，事后无权再以法院判决中采信了非法证据为由提出上诉或申请再审。这正如由于当事人在诉讼中负有主张责任，故其若木在审理过程中主张对自己有利的事实，事后就不得指责法院本能以该事实为依据做出对其有利的判决一样。所以，第三种方案实际上是把启动非法证据审查程序的责任置于当事人，启动后进行审查并做出认定的责任置于法院，是当事人责任大而法院责任小的方案。
