通过以上论述，笔者认为大陆法系与英美法系的证明责任理论不具有统一性，也不能互相适用于对方的诉讼实践，在此，笔者将大胆尝试从两大法系的诉讼实践中寻找出一种统一适用的证明责任理论，摒弃已有的从行为与结果或者从诉讼阶段的角度来划分证明责任层次的理论方法，不揣冒昧的从实体与程序角度对证明责任的层次性进行分析。
刑事诉讼证明责任的分配在实质上是对诉讼当事人之间实体和程序权利义务的分配：从实体的角度来看，证明责任的分配与一定的实体法律后果相联系，即证明责任的承担者在案件事实真伪不明的状态下承担败诉的风险；从程序的角度来看，证明责任的分配与程序的启动、推进相联系，即证明责任的承担者必须提出有一定证据支持的主张以启动诉讼程序，并且在程序进行的过程中提出相应的论据(即证据)来证明自己的主张以推动程序的发展。
在证明责任的分配问题上，实体层面的证明责任的分配更具有根本意义，因为不论采取哪种诉讼形式，诉讼认识的有限性都决定了案件事实真伪不明的状态是不可避免的，同时诉讼的终局性原则又决定着裁判者必须做出非此即彼的裁决，因此，除了古代神明裁判之外的其他诉讼模式下都存在着这一层面的证明责任的分配问题[3]。近代纠问式诉讼推行有罪推定原则，因此，被告人在不能证明自己无罪的情况下要承担被判决有罪的不利后果，即“疑罪从有”；现代诉讼包括职权主义诉讼和当事人主义诉讼都是建立在无罪推定原则的基础之上的，因此证明被告人有罪的责任均由控诉方承担，否则被告人有权利被判决无罪，即“疑罪从无”。
程序层面的证明责任可以分为启动诉讼的证明责任和推进诉讼的证明责任。启动诉讼的责任分配从总体上来说受制于实体层面的证明责任的分配，即实体证明责任的承担者必须提出一定的事实主张并提供相应的证据加以证明，才能启动诉讼程序的进行，否则将会面临起诉被驳回的程序后果。比如英美法系对提出证据责任的分配首先要求负有证明责任的一方当事人必须首先向法官提交“表面上充分的证据(primafacieevidence)”，使法官相信指控事实的存在具有很大的可能性，法官才会将案件交由陪审团审理。在刑事诉讼中，这一责任由负实体证明责任的控诉方承担，如果控诉方未能提出符合法定要求的证据，则被告方有权主张“无辩可答”，请求法官驳回控诉方的指控。在大陆法系，起诉方也有启动诉讼的责任，比如根据德国《刑事诉讼法》第199、200、203条的规定，是否开始审判程序或者暂时停止程序，由对案件有管辖权的法院裁判。法院裁判的依据是指控方提交的起诉书，起诉书应当包括要求开始审判程序的申请。起诉书的主体内容分为两部分，一部分是对指控事实的陈述，另一部分是对主要的侦查结果予以记明。法院根据侦查程序的结果审查被诉人是否有足够的犯罪行为嫌疑，并裁定开始审判程序或裁定拒绝开始审判程序。因此，无论英美法系还是大陆法系，与启动诉讼的责任相联系的不利后果是程序性后果，即驳回指控或者法院拒绝审判，而非主张不能成立(即被告人无罪)的实体性后果。推进诉讼的证明责任解决的是启动后的诉讼程序进行的动力问题。在诉讼中，与案件的实体处理结果有利害关系的双方当事人为了争取有利于己的判决，必然积极地对自己的主张提出证据加以证明，从而推动诉讼的进行。在当事人主义诉讼中，推进诉讼进行的责任首先属于实体责任的承担者即控诉方，具体表现为控诉方在法庭上阐明自己的诉讼主张，并提出相应的证据加以证明，当控诉方提供了一定量的证据，使其主张的事实逐渐清晰明了之时，对方当事人即辩护方便感到了推进诉讼的压力，或者败诉风险，这促使其也提供有利于己的主张及证据或者质疑控诉方提供的证据以动摇事实裁判者即将形成或业已形成的对控诉方有力的心证，控诉方为恢复事实裁判者对自己有力的心证而必须继续提供证据来证明自己的主张。如此一来，推进诉讼的责任便在双方当事人之间来回转移，如果该负推进诉讼责任的一方当事人没有尽到推进诉讼的责任，那么视该责任失败的一方当事人不同以及所处的诉讼阶段不同而承担不同的不利后果：就辩护方而言，在控诉方排除合理怀疑地证明被告人有罪之前辩护方未尽推进责任，其并不必然承担败诉后果，但却有承担败诉后果的可能性，因为控诉方可以没有阻碍的一直将案件证明到排除合理怀疑为止，但是如果控诉方不能继续将案件证明到排除合理怀疑的程度，那么辩护方并不因未尽推进责任而承担败诉的后果；如果控诉方已经排除合理怀疑的证明了案件事实，而此时辩护方未尽推进责任，那么辩护方必然面临败诉的不利后果。就控诉方而言，如果在辩护方尽到推进诉讼的责任之后，其没有尽到推进诉讼的责任，即不能继续提供证据将案件证明到排除合理怀疑的程度，那么其将面临败诉的后果。然而在职权主义诉讼中，推进诉讼进行属于法官的审理义务，因此，双方当事人虽有可能提出证据，但不承担相应的推进诉讼责任，即双方当事人并不因不能推进诉讼进行而承担败诉的后果。
