2.没有充分关注到民事诉讼各项制度之间的有机联系
应当说，“申诉难”与“执行难”确实是目前民事诉讼面临的两大非常突出的问题，但民事诉讼目前面临的问题绝不只是这两个，其他问题也还不少且并非不突出，因此《修改决定》主要只涉及这两个问题显然是有缺陷的。更何况，对民事诉讼理论和实践稍有了解的人都知道，“申诉难”与“执行难”并不只是《民事诉讼法》关于再审和执行的规定本身不完善造成的。事实上，“申诉难”与“执行难”问题与民事诉讼法的其他制度甚或与《民事诉讼法》以外的其他制度和观念息息相关。以“申诉难”为例，如果当事人在诉讼中的权利能够得到切实保障，如果没有那么多的导致证据动辄失权的规定，如果一、二审的审理能够得到加强，等等，还会有那么多的申诉吗？没有那么多的申诉还会导致“申诉难”成为一个大的社会问题吗？答案显然是否定的。这也说明“申诉难”问题的解决是一个系统工程，与当事人权利保障，证据制度，一、二审审理程序等的完善是密切相关的。
再以“执行难”为例。关于“执行难”问题，我们首先必须分析：到底哪些问题是“执行难”问题？例如，被执行人完全没有履行能力导致法院裁判没有得到执行，这能否算是“执行难”？这实际上就牵涉到对“执行难”的理解。我们认为，“执行难”所指的应当只是被执行人有履行能力但法院裁判还是没有得到执行的情况。因为只有在此种情况下，人民法院才有可能对被执行人采取措施去实现法院裁判，如果不能采取有效措施实现法院裁判，那才能算是“执行难”。至于被执行人完全没有履行能力导致法院裁判没有得到执行的情况，人民法院再怎么采取执行措施也不可能使被执行人变得有履行能力，因而这不能算是“执行难”问题。实际上，我们所处的市场经济社会既是一个风险社会，也是一个自我承担责任的社会，处在这个社会中的主体就应当具有风险意识和自我承担责任的意识，在他与他人发生民事法律关系的时候，就应当预见到可能的风险并采取相应的预防措施，如果不能预见到或虽预见到但没采取措施预防，那么当风险降临的时候，他就应当承担这种风险，而不是去怪罪于国家。因此，被执行人因没有履行能力而导致法院裁判没有执行的情况不能完全归之为“执行难”，但《修改决定》却没有区分这种情况，而是全部将其放在“执行难”中，这就使得“执行难”问题永远都会存在而无法解决。
因此，无论是“申诉难”还是“执行难”，都不只是其制度设计的本身问题，而《修改决定》只是从完善其制度本身入手来试图解决，而没有充分关注到民事诉讼各项制度之间的有机联系，就未免有“头痛医头，脚痛医脚”之嫌，很难从根本上解决这些问题。
3.对行之有效的司法实践经验未能充分吸收
