民事司法证明活动中当事人程序主体地位的确立和强化，亦要求立法者将保障当事人享有程序主体权放在重要的位置。发现真实是民事司法证明在实体公正方面所要达成的目标；而程序公正则通过在发现案件真实和正确适用法律方面所发挥的作用，从而确保实体正义的实现，两者共同成为民事司法证明的目的，缺一不可。但我们也必须认识到，在民事司法证明中发现真实与程序公正并不是总能够保持一致，当两者发生冲突时，民事证明主体应比较轻重、权衡利弊、决定取舍，如何寻求两者的平衡是民事司法证明目的实现的关键。
现代证据制度不仅讲究公正，而且也讲究效益，司法公正的实现不得不考虑诉讼效益的制约作用。提高证明效益种种措施的科学根据就是不能突破这一程序正义的底线，在公正背景下提高诉讼效益是一项不可能动摇的原则。在不改变程序结构的前提下设立一些有利于加快程序运作的规则，是提高证明效益的一种主要路径。发现真实与提高效益可以共存于某项证据制度或证据规则中，并且互相促进，然而两者之间也会出现冲突，如何解决?原则上应当追求发现真实，因为证明本质上要求将公正作为其基本价值取向，在维护公正的前提下追求效益才是合理的。
此外，在民事司法证明中，存在着法院为全面查明案件事实，只要证人满足证人适格的一般条件，其有权强制证人向法院或当事人提供证言或其他证据的普遍现象。然而，这样不加区别的强制性规定很有可能会损害证人与他人间的某些社会关系，而这些社会关系又往往是社会所极力保护的，譬如，夫妻间的信任关系是婚姻制度的基石，律师与当事人之间的委托信任关系是律师制度的基石。在证人与当事人有类似上述这些社会关系时，如果为了追求案件真实而强迫所有具备证人适格的人都出庭作证，就会以损害这些社会关系为代价。在市场经济条件下，在民事纠纷主要为私权纠纷的观念已经得到确立的今天，为查明案件事实而不惜给案外人的利益，给其他社会关系造成严重损害的做法就不再具有了正当性。[8]因此，在一定范围内保护某些比发现真实更为重要的权益理所应当地成为我国民事司法证明的目的之一，而如何协调好其与发现真实、程序公正、效益等诸目的之间的关系，则有赖于具体证据制度的合理设立。
民事司法证明的目的反映了现代民事诉讼中价值取向的多元性和相对性，民事司法证明活动反映了民事证明主体不同的需求，这些需求的满足形成了多维度的价值取向，诸如自由、公正、秩序、效益等。民事司法证明中的价值取向是客观存在的，但对于不同的主体而言，其对不同价值取向的认识和评价，无论从理论上讲，还是从社会现实来看，都会产生不同程度的差异，民事司法证明中充满了各种价值观念的冲突。自由、公正、有效益的民事司法证明活动能够为证明主体提供高度有效的保障：在这里，自由的意义在于使民事证明主体的意愿得到尊重，使主体的选择得到满足；公正价值的选择则体现了民事证据规则的科学性，使其符合民事司法证明活动的客观规律；效益是民事司法证明保障的又一决定因素，效益价值要求“程序的安排能使阻碍和浪费最小化，效果和支持最大化”。[9]事实上，民事证据制度中的证明责任分配、举证期限、证明标准、推定及司法认知等具体规定，均体现了效益价值的相关要求，是实现证明效益的保障。而民事司法证明活动中关于秩序、安定价值的考虑也是为了民事司法证明目的的全面、客观实现。
