有学者指出，按照司法改革整体性的要求，一方面，我们应当将司法改革放在整个社会转型的大背景下进行考察，重视外部环境与司法改革之间的互动关系。既要仔细分析改革所处的特定历史背景，分析社会环境中影响和制约改革进程的重要因素，又要重视评估改革对外部环境所产生的具体影响，进而不断修正和完善改革。只有在两者之间建立起良性的互动机制，改革才能在集约化平台上高效率地推进。否则，无论哪个环节出现偏差，改革的成效都会大打折扣。另一方面，由于司法主体、司法行为、司法客体、司法程序之间是相互影响、相互作用的，在对司法体制和司法机制进行改革时，必须注意司法权内部构成要素之间的衔接和配合，使各方面改革与改革举措齐头并进、互为依托，进而形成合力，最终推动司法改革的良性发展。因此，对司法改革的研究视角应当是立体的和多角度的，改革的方案也应当具有整体性和开放性:既包括司法机关权力配置、行为模式的重新整合，也涉及国家司法体制、政治体制的方方面面;既有宏观层面的整体勾勒，也应重视微观结构的局部调整;既有制度层面的修正，也有观念层面的变革;既有司法机关、司法程序自身的改革和完善，也涉及一系列配套环境的培育。只有采取多元的、全方位的、系统的整体推进方式，才能使改革的努力不至于流于形式。[11]
20世纪80年代末以来，我国对司法制度进行了一系列的改革，取得了相当大的成绩。然而，由于理论准备的不足和实际经验的缺乏，许多改革措施明显带有中国改革过程中常见的特点，即每一项改革措施各自分离，各自针对特定的问题，与整体制度设计无关。[12]这种各自孤立的改革措施虽然在特定的时间里对特定的问题有一定的作用，但它们最大的问题在于无法解决整个系统的有序运转，无法使各项改革措施相互促进。例如，2001年最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》所规定的“证据失权”制度，有利于提高审判效率，但是却不利于对当事人合法权益的保护。如果严格执行该规定，在司法实务中就会引发大量的因未及时举证而导致证据失权的现象，这将损害当事人的合法权利，激化社会矛盾，产生不良的社会效果。[13]因此，尽管司法改革有必要解决目前的一些迫切问题，满足人民群众对司法公正的渴望，但是，司法改革的重点应是从根本上建立一个良好的系统和结构。
然而，迄今为止，我们所看到的司法改革仍然只是司法机关“自身内部”的事情，有关机关所提出的“改革纲要”、“改革实施意见”等也都是在其内部所进行的改革。即使是在改革力度最大的法院与检察院，也没有体现司法改革目标的同质性和改革进程的同步性。最高人民法院提出的改革目标是确保独立审判，以实现司法的公正与效率;最高人民检察院提出的改革目标是充分发挥法律监督机关的应有职能，加强对侦查、审判工作的法律监督。囿于自身的地位和权力，对于涉及其他国家机关的组织体制、权力配置等全局性的司法制度问题，法检两家在各自制定的改革目标中则根本没有提及，实际上也没有资格论及。还必须指出的是，法院、检察院两家的权力配置本身就是需要改革的，所以目前这种由各家自查自改的状况难免会出现两家之间因扩大自家权力、限制对方权力而引起的冲突。事实上，由于权力、利益、观念等方面的原因，“法检冲突”的存在已是公开的事实。有学者指出:“我国的司法改革基本上是在司法系统内部进行的改革。这种改革在很大程度上导致了改革措施与现实情况的脱节，难以与司法制度外部环境的政治制度、经济制度相互衔接、共同发展。尤其是在政治体制改革尚未取得根本性进展的条件下，那些在自我封闭状态下出台的各种司法改革措施，或实施受阻，或自然终止，应是预料之中的事。”[14]大多数学者认为，目前的司法改革如果局限于原有的法律制度框架，已没有多大的改革空间，比如法官独立、司法独立、法院体制非行政化等问题，涉及其他方面的体制改革。在现有的法律框架内，司法改革难有作为。[15]上述状况严重影响了司法改革的进度和力度，妨碍了改革目标的实现。司法改革的推行可以采取各种不同的方式，例如，“激进”式、“渐进”式、“折衷”式、“试验田”式等，但是，不论采取何种方式，都必须从宏观的层面、从整体的角度来设计、把握司法制度的改革。即使采用循序渐进的方式进行改革，也必须统筹设计未来的整体司法制度的构建。
