其三，法官应保持中立。所谓中立原则，就是指裁判者应在发生争端的各方参与者之间保持一种超然和无偏袒的态度和地位，而不得对任何一方存在偏见和歧视。同时裁判者在刑事审判过程中给予各方参与者以平等参与的机会，对各方的主张、意见和证据予以同等的尊重和关注。法官能够在法庭审理过程中保持中立的前提为司法独立，只有真正实现了法官个体的独立，使法官能够摆脱各种各样复杂社会关系的困扰，真正清明的司法才会展示于我们的面前，使司法不至于沦落为权力的工具，丧失独立的品格。
(二)司法理念的更新
值得我们注意的是，制度层面的变革往往可以“疾风暴雨式”的推进，在短期内予以实行，司法理念的更新则是一个漫长的过程。然而，司法理念的更新也不容我们忽视。如果作为制度的执行者在理念层面仍然停留在有罪推定、实体至上的观念之上，则刑事诉讼制度的运行必然受到阻滞，难以发挥其预设的功能。
1.程序正义。程序正义源于“自然正义”原则，自然正义有两项基本的要求，其一为任何人不得做自己案件的法官；其二为应当听取双方当事人的意见。程序并不应是实现实体目标的工具，程序应有自身独立的价值，程序正义的标准主要包括六个方面的内容：程序参与原则；中立原，则；程序对等原则；程序理性原则；程序自治原则；程序及时和终结原则等。从某种意义而言，只有真正尊重程序的独立地位，才有助于实体公正的最终实现，保证准确认定事实，适用法律，不枉不纵，各得其所。正如最高人民检察院副检察长朱孝清所指出的“程序正义是防止冤案的根本”。程序正义内化为司法人员的司法行为，使审判以公正的方式进行，不仅有助于实体公正的实现，而且可以消融极少数案件处理实体不公所带来的消极影响，促进社会公众对于司法的认同，增强司法的权威。
2.无罪推定。无罪推定最早由意大利刑法学家贝卡利亚提出，他在《论犯罪与刑罚》中指出：“在没有作出有罪判决以前，任何人都不能被称为犯罪分子”；“任何人当他的罪行没有得到证明时，根据法律他应当是被看作无罪的人。”现代意义上的无罪推定是指在没有被发生法律效力的裁判确认为有罪之前，都应该推定被告人为无罪。基于无罪推定，被告人不承担证明自已无罪的责任，证明被告人有罪的责任应由控诉方承担，从而保证了被告人的诉讼主体地位，在一定程度纠正了刑事诉讼中的控辩失衡。对被告人的有罪判断存在怀疑时，则应作出对被告人有利的解释，换言之，如证据不足，不能认定被告人有罪时，应当作出证据不足、指控不能成立的无罪判决。虽然，我国的刑事诉讼法也体现了疑罪从无的精神，但是在司法实践层面，并未获得广泛的认同，有罪推定还潜藏在相当一部分司法人员的内心深处，否则也不会出现佘祥林案件中的“疑罪从轻”。
