2.有罪推定。在传统的纠问式诉讼模式下，奉行有罪推定，受到刑事指控的人，被推定为有罪。被告人必须承担证明自己无罪的责任；如果被告人无法证明自己无罪，就会被认为有罪，如果被告人不如实供述犯罪行为，则法官就可以采取刑讯等手段来逼取口供。口供被认为是“证据之王”，我国古代早就有“断罪必取服输供词”和“无供不录案”的断狱原则。刑讯逼供是有罪推定观念支配下的逻辑必然。尽管新中国成立之后纠问式诉讼已经被消灭，但几千年来封建法制的影响并不可能在短期内迅速消除，作为诉讼观念，有罪推定仍然影响着部分司法人员，干扰着现代刑事诉讼的正常运转。佘祥林案件中的“疑罪从轻”实际上就是有罪推定的现代翻版，与现代刑事诉讼的无罪推定原则背道而驰。
三、佘祥林案对我国刑事诉讼法适用的启示
从世界范围来看，冤案往往能给人们带来更大的触动，推动刑事诉讼的改革。在英国，现代改革的直接促进是由对马克斯韦尔·康费特死刑案件的司法调查引起的，在该案中，2名少年被判有罪，但是1975年该案被重新审理，上诉法院撤销的有罪判决。后来亨利·费希尔调查的许多结论直接指向刑事司法制度的核心部分，提出了有关警察工作的情况，嫌疑人的权利以及防止错案问题。在此基础上，英国成立了刑事程序国家委员会，成为了英国现代程序改革的第一步。“前事不忘，后世之师”，如果我们不以佘详林案为契机推进我国刑事诉讼法的完善，等待我们的将是一个又一个的佘祥林案。
(一)刑事诉讼制度层面的改革
虽然制度并非万能，不能解决一切问题，但是好的制度设计是刑事诉讼正常运转的前提和基础。我们认为我国刑事诉讼制度应改革“流水作业式”的诉讼构造，以确立“裁判中心主义”为基本目标，强化对于侦控权的监督和制约，实现刑事诉讼中的控辩平衡。具体而言，应从以下四个方面着手。
1.改革侦查制度。侦查权是国家权力中最为活跃的权力，因而也是最需要控制但又难以控制的权力。由侦查的任务所决定，侦查机关应该享有拘传、拘留、逮捕、搜查、扣押等对人或对物的强制处分权，即侦查权。但这些强制手段大都涉及公民的各种权利，如果缺乏有效的制约手段或程序保障措施，普通公民，特别是处于被追诉地位的犯罪嫌疑人，其诉讼权利和人身安危更是极易受到国家有组织的暴力行为的侵犯。因此，如何规制侦查权的行使，防止检察机关和警察机关滥用国家权力、侵犯公民权利，就成为现代诉讼制度必须解决的课题。各国普遍通过完善立法来规范侦查权的行使。
笔者以为，应从以下四个方面来规范侦查权的行使，第一、律师提前介入，确立讯问时律师在场的制度；第二、强制措施的令状主义，对剥夺公民人身自由的强制措施，应由中立的预审法官来审查批准；第三、羁押场所中立化，防止警察讯问时滥用权力；第四、对讯问实行全程临控，采用讯问时的录音录像制度。
