(三)刑事诉讼法适用主体的构成人员素质偏低
刑事诉讼法的适用主体是保证刑事诉讼法能够准确适用的最关键因素，主要包括警察、检察官与法官。相对于检察官而言，我国法官与警察的职业现状问题突出，更令人忧心。目前，我国的法官在职业素质与职业道德建设等方面还存在明显不足，2004年，全国法院有461人因违法违纪行为被查处[4]，如肖扬所言，我国法官队伍缺乏的是现代精英法官阶层所应有的“职业传统和职业气质”。[5]法官个体司法能力存在的不足，使得案件审理的效率与质量都难以获得充分保障，其抵御外部不当干扰，独立审判案件的能力也会相应受到限制。
就我国的侦查机关而言，首先，公安队伍的人员素质不能令人满意：1999年，全国公安队伍中达到大专以上文化程度的民警仅30%多，从警校毕业的只22·5%，尽管到2003年全国公安机关大专以上学历的民警占到总数的57·35%，但受过大学法律专业训练者仍然是偏少，基层“综合素质普遍偏低”现象更是没有彻底改变。其次，我国公安人员的数量不足，1986年，中国警察的数量为65万人；目前，中国警察的数量为170万人。按人口平均，目前我国每万人有12名警察，警力配置水平大约是西方国家平均水平的1/3。[6]而与此同时，随着科学技术的发展，犯罪行为呈现出范围更广、隐蔽性更强、手段更狡猾的特点。专业训练的缺乏与警力配备的不足必将导致侦查的投入有限、侦查的水平不高，而在某种程度上不得不依赖于非正当的侦查手段。
(四)刑事诉讼法适用理念的误区
就佘祥林案的成因而言，既可归咎于刑事诉讼制度层面的缺失，然而，司法人员在刑事诉讼法适用理念上的误区也不容忽视，尤其值得我们关注的是“程序虚无主义”与“有罪推定”的思想还影响着相当一部分司法人员。
1.程序虚无主义。我国向来缺乏程序正义的观念，传统上就以惩罚犯罪为刑事诉讼的中心，“程序虚无主义”的诉讼观念盛行，尽管，近年以来程序的重要意义在法学理论界已被普遍认同。然而，在司法实践部门，“程序虚无主义”仍居于主导地位，认为程序只是保证案件实体结果正确的工具，只要刑事诉讼程序运作的实体结果最终是正确的，即使是诉讼过程缺在瑕疵也无伤大雅。在这种观念的支配下，司法机关为查明案件的真实情况，往往可以不择手段，被告人在诉讼中的地位客体化，刑讯逼供现象十分普遍。所以冤案背后总是附随着刑讯逼供，尽管有少数刑讯逼供行为能够被揭示并使相关人员受到应有追究，但是大量的刑讯逼供行为还是隐藏于背后，未能得到及时处理。
