2005年4月7日，新华社在通讯《冤案是怎样造成的?———湖北佘祥林“杀妻”案追踪》中披露了荆门市中院在一份总结材料中谈到的佘案教训：“要排除一切干扰，依法独立行使审判权。佘祥林案件的处理结果是经过市、县两级政法委组织有关办案单位、办案人员协调，并有明确处理意见后，由两级法院作出的判决。这种‘先定后审’的做法，违背了刑事诉讼法的有关规定，是导致冤案发生的重要原因。审判机关应严格依法办案，即使有关部门组织协调，法院也必须依法独立审判。”
二、佘祥林案中刑事诉讼法适用存在问题的深层原因分析
我们在分析佘祥林案中存在的诸多问题的深层原因时，不仅应从刑事诉讼法适用的机制、依据及主体着手，而且也应当考虑诉讼理念，以及整体社会环境对于刑事诉讼法适用所造成的影响。
(一)刑事诉讼法适用机制的缺陷
我国的刑事诉讼过程实质上是一种“流水作业式”的构造。刑事诉讼中公安机关、人民检察院、人民法院的“分工负责、互相配合、互相制约”，过于强调权力之间的“合作”。而对法院独立居中裁判的职能没有给予足够的重视，我国宪法规定了“人民法院依照法律规定独立行使审判权，不受行政机关、社会团体和个人的干涉。”可见，我国宪法已经确立了在全国人民代表大会统一行使国家权力下的二级分权中的独立审判的原则。法院的整体独立固然有利于法院成为一个整体来抵御外部的不当干扰，在我国目前的社会背景下有其积极的意义，然而，司法独立的本质在于法官的个体独立，如果法官缺乏对于案件审理的自主权，那么现代刑事诉讼的一些基本原则如直接、言词原则就形同无物；“审案的不判，判案的不审”这样的怪现象仍然会普遍存在；法官在审理案件的过程中，还会受到来自法院内部的干预，而且这种干预还会披着合法的外衣。[3]
(二)刑事诉讼法适用的证据规范疏漏
完善的证据规则对于引导司法人员调查、收集、审查、判断、认定案件事实有着重要作用。我国现行的刑事诉讼法虽然专章规定了证据制度，但是证据规则规定粗疏，在司法实践中缺乏可操作性，难以有效地避免司法人员在审判判断证据时的武断与片面。例如，我国刑事诉讼法第四十三条规定“严禁刑讯逼供和以威胁、引诱、欺骗以及其他非法的方法收集证据”，然而，在司法实践中，对于通过刑讯逼供等非法手段所获取的口供，法官在认定时存在着困难，如对刑讯逼供的举证责任由谁来承担、非法手段的具体范围等问题法律都未予以明确界定。在此立法背景之下，尤其是近年来在“命案必破”的要求下，侦查人员通过刑讯逼供等非法行为来获得口供不失为一条捷径，尽管也存在着被追究其刑讯逼供行为的风险，但是被告人对于刑讯逼供行为存在着举证困难的问题，因此，非法口供往往能被法庭采纳成为定罪的根据。对于法官而言，我国的证据规则并未对法官的事实认定设置一定之规，虽有利于法官自由裁量，但是也存在着一定的盲目性，由于法官取舍证据过于自由，导致对部分案件事实的认定极不合理。加之我国判决不必说理，法官的心证无需公开，这样必然导致法官对于案件事实的认定的论证过程往往不够严谨。
