在司法实践中，公诉检察官“重实体、轻程序”的观念突出表现在两个方面：一是在审查起诉中，对证据证明力的关注要大大高于对证据来源合法性的关注，对于非法取得的证据不注意依法排除；二是忽视对诉讼参与人尤其是犯罪嫌疑人、被告人权利的保障，利用种种理由，规避诉讼参与人的合法权利。如在办理被害人众多的案件时，往往因为嫌麻烦，忽视对所有被害人的权利告知，从而剥夺了部分被害人的知情权。对这些不公正的行为，公诉检察官应积极予以避免。
（三）尊重事实和证据的原则
刑事诉讼的基本原则是“以事实为依据，以法律为准绳”，法律的适用是以事实的明确为前提，而事实又必须用证据予以证明，因此可以说，证据是刑事诉讼中最核心的问题，也是关系司法公正的重要问题。公诉检察官要树立证据意识，转变以口供为核心的证据观念，重视其他证据的收集和运用，学会用确凿的证据来指控和证实犯罪。这就要求公诉检察官要本着客观公正的立场全面审查、收集案件证据，不能为达到追诉目的而有意回避对犯罪嫌疑人、被告人有利的事实和证据；公诉检察官对犯罪嫌疑人、被告人犯罪性质、犯罪轻重和犯罪责任的确定都要有充足的事实依据，这样才能确保追诉犯罪的准确性：公诉检察官对证据能够证明不存在犯罪事实或犯罪事实非犯罪嫌疑人所为的案件，只能退回侦查机关处理；对证据不足、不能排除无罪可能性的案件只能作不起诉处理；对证据欠缺，不能排除轻罪可能性的案件，不能强行以重罪起诉。
尊重事实和证据的原则还要求公诉检察官的一切活动要符合理性的要求，亦即公诉检察官所做出的任何决定均要有充分的理由，要建立在对事实、证据进行全面审查、分析和论证的基础上，客观公正地而不是轻率做出决定。公诉检察官对任何一个案件的轻率，于案件当事人而言都是百分之百的不公正。公诉检察官理性地履行公诉权，至少应当坚持以下三点：
第一，公诉检察官在做出决定时，须充分考虑各种观点和可能性，尤其要对相互矛盾的证据和相反的观点予以高度重视，不能简单得出起诉或不起诉的结论，要保证所作决定经得起推敲。在判断证据是否“确实、充分”时，要审查证据之间、证据与待证事实之间、证据与情理之间，是否存在不能解释的矛盾，是否排除了无罪、罪轻或其他合理怀疑；应当客观全面地收集、审查证据，对无罪证据、罪轻证据、翻供翻证要高度注意，防止对证据凭主观臆断进行取舍；对鉴定结论不能预定其证明力，而应结合案内其他证据，进行审查判断。即使是由司法机关的鉴定部门做出的鉴定结论，经审查结论不成立或依据不充分的，也不能作为证据使用。公诉检察官只有理性地对案件事实和证据进行审查判断，不因侦查意见而先入为主，才能保证处理结果的客观公正。
第二，公诉检察官要保证案件事实与处理结果之间的逻辑性，不仅要使犯罪嫌疑人、被告人清楚应当如何处理，更要清楚为何这样处理，否则犯罪嫌疑人、被告人连自己为什么被处理都不清楚，又何谈公正二字。这种情形突出表现在审查意见书起诉书、不起诉决定书及抗诉书等公诉文书的制作和出庭支持公诉中。公诉检察官在制作公诉文书时，应在对案件进行事实分析和法律论证的基础上，合乎逻辑地得出处理结论。审查意见书自不待言，即使是行文格式相对简单的起诉书，公诉检察官在表述指控事实时，也要从犯罪构成的角度体现自己指控的思路，并从法律角度适当论证被告人构成犯罪和承担何种刑事责任的理由。公诉检察官在出庭支持公诉中，要讲道理、讲法律、讲事实、讲证据，充分履行证明责任、说明责任，而不能强词夺理。对证据之间的矛盾也不能有意回避和掩饰，而应用充足的根据来合理地予以排除。
第三，公诉检察官办理案件还要排除个人好恶等情感因素对案件处理的影响。我们说公诉检察官应具备疾恶如仇的正义感，作为一个正常的人，他可能会对犯罪嫌疑人的形象产生厌恶，对被害人产生深深的同情，甚至可能无法忍受个别犯罪嫌疑人蔑视法律的恶劣态度，但指控犯罪仍然要靠事实和证据，公诉检察官要避免受这些情感的支配，不能以情感为依据来做出决定，过分陷入这些因素可能会使公诉检察官审查案件不能保持客观、冷静的心态，从而影响案件处理的公正。
