（二）中央与地方政府事权财权不统一。中央和地方实行“分灶吃饭”的分税制财政体制以来，对财权的划分比较明确，而对事权的划分界定不清晰，带来了一些不利后果。首先，上级政府出政策，下级政府出钱，打乱了地方原有的预算。如许多转移支付项目都要求地方提供配套资金，使地方预算无法围绕自己的工作重点编制和执行。而且往往越是需要扶持的贫困地区就越拿不出配套资金，结果有可能是得不到财政转移支付，加剧了地区间财政的不平衡，使转移支付偏离了其本来的政策方向。其次，一些基础项目的事权不清，支出上由谁负责不明确，各级政府对是否应该负担、何时负担、负担多少均无章可循，完全处于随意状态。一切都有赖于讨价还价，或者是下级政府的攻关能力，甚至决策者之间的私交，为权力寻租打开了方便之门。再次，一些上级政府或部门直接安排的本属于下级政府或部门事权项目的转移支付，虽然列入上级的预算，但由下级执行。上级财政预算没有分地区、分项目，致使资金分配下去后，上级监督机构很难对其具体去向和使用效果进行监督测评。同时，由于分配的公开透明度低，上级财政转移支付的资金额度下级财政不知道，能够获得多少转移支付下级政府不能预见，不可能准确地将其编入本级预算，也就不在地方人大的监督范围之内。目前，对转移支付尤其专项转移支付资金，地方尤其是市县普遍存在“这是争取来的资金，谁能争来谁来用”的思想，管理十分混乱。
（三）转移支付的法律及其责任的规定不完善。财政转移支付作为规范政府间财政关系的制度安排，是中央政府在分权性财政体制的基础上对地方政府实施制衡的重要财政手段，其制度设计和实际运作涉及到一些重大的国家政策目标。目前我国财政转移支付的相关规定大多散见于不同时期的部门规章之中，在立法层次和完善性方面都存在很多欠缺。首先，没有专门机构对财政转移支付进行统一安排和管理，使来自于不同口径不同名目的财政转移支付之间目标不统一，标准不合理，政策功能相互冲突，政策目标的实现难以保证。其次，财政转移支付的决定与支付缺乏明确的程序规范，使支付对象、资金数额、支付时间、支付方式等方面都带有太多随意性和人为因素，上下级之间讨价还价，决策人员滥用权力的现象屡见不鲜。第三，对转移支付的使用过程和最终效果缺乏监督和评估规定，使其在实际运用中处于失控状态，截留、浪费、改变用途甚至中饱私囊的现象难以杜绝。第四，对财政转移支付违规违法行为责任的认定和处罚欠缺全面而明确的规定，使许多违规行为找不到从法律上予以处罚的依据，有的不了了之，有的以轻描淡写的“内部处理”了事，造成了一些部门一些人对转移支付的有关规定视若无物，严重影响了转移支付制度的权威性。
