当前信用社无论是在自身建设，还是在适应为“三农”服务要求等方面，都还存在着不少问题，主要是：产权不明晰，法人治理结构不完善，经营机制和内控制度不健全；管理体制不顺，管理职权和责任需要进一步明确；历史包袱沉重，资产质量差，经营困难，潜在风险仍然很大。
（一）产权虚置、产权主体错位，造成农村信用社的风险责任无法落实
在正常的制度环境下，出资入股的社员毫无疑问是农村信用社的终极意义上的产权所有者。在我国，尽管信用社在刚成立时以章程的形式规定了社员的地位、权利和义务，但在实际运行中，信用社事实上的产权主体却变异成国家或集体，该集体并非全体社员组成的集体，而是一个以地方政府为主体的较为含混模糊的集体。这就造成了信用社的产权虚置，真正的产权主体被架空，社员对信用社所应拥有的权利被严重削弱。
形成这一现象的基本原因，一是初始产权便带有浓厚的行政色彩，更多地表现为政府的意图而非入股社员的意愿。农村信用社成立之初，由于农民对金融知识普遍缺乏，很难对入股信用社所应享受的权利和承担责任弄清楚，入股信用社主要源于对政府的信任，更多地表现为“顺从”和从众行为；二是随着农民收入的增加，农民的贷款需求逐步加大，农民入股信用社的动机更多地是为了求得融资便利和融资成本上的优惠，很少有人从投资者的角度去关心其投资的返还和利润回报，也就很少有人去真正关心信用社的经营和业绩；三是由于社员股金较分散、金额低，能从信用社获取的分红回报很少，从而缺乏产权主体意识。上述现象在现实中的典型表现就是，农村信用社的所有权与管理支配权不匹配。作为产权主体的社员已基本失去因拥有出资而本应行使的财产权利，而农村信用社主任对农村信用社拥有实际的支配权；各级政府对农信社的经营管理进行强行干预等。
农村信用社产权虚置、产权主体错位，意味着社员作为出资人难以对信用社履行真正的监督和民主管理的权利，自然无法要求其对农村信用社的风险负责，从而信用社经营中的风险承担主体无法落实。同时，由于社员的权利被架空，信用社的经营方向和经营原则就会偏离为农服务方向，片面追求盈利或其他经营目标。一些信用社往往背离社员贷款优先的原则，在社员的合理资金需求未得到满足的情况下，出于盈利动机或是受地方政府行政干预，将贷款投向乡镇企业、公共基础设施等领域，有的甚至将信贷资金违规挪作他用，严重影响了“三农”贷款的正常发放。
（二）法人治理结构不健全，导致内部人控制现象严重、信用社管理水平低下
（1）社员代表大会难以充分行使职权。社员代表大会是农村信用社的最高权利机构，理应享有选举理事会、监事会的权力，审议理事会、监事会工作报告，对信用社重大事项作出决议等。但目前社员代表大会多流于形式，甚至从不召开社员代表大会。
