4.宗室、觉罗诉讼的审理。奏折指出，宗人府与大理院会审宗室、觉罗案件的做法与司法独立不符，并引用日本关于皇族诉讼的处理办法说明该制度并非不能变通。奏折建议：如果宗室案件系民事并且两造均属有爵宗室的，由宗人府自行办理；其余宗室、觉罗与旗民涉讼案件，由高等审判厅审理。
5.司法独立的保障。奏折花费相当大的篇幅来说明保障司法独立的重要性，并就此向朝廷提出了请求：（1）《法院编制法》规定了司法各官权限，法部、大理院以及各级审判厅自应遵照办理。为防止互相牵连纠葛，请求朝廷在颁行之始予以适当声明。（2）除了《法院编制法》规定的司法行政监督权外，其余行政各官与司法各官不得互相侵越。（3）为保证法官素质，将来选任法官务必严格遵守法官考试章程。非推事及检察官者，不经照章考试，不得奏补法官各缺；现有候补推事及检察官，由该部堂官查验合格后奏补现有员额。（4）请求朝廷饬下学部通行各省督抚，扩建法政、法律各学堂。（5）为保证法官操守，请朝廷饬下法部迅速制定《法官惩戒暂行章程》。
五、钦定《法院编制法》与三章程
《法院编制法》及三个暂行章程奏进的当天，即获清廷上谕颁行。关于司法权之独立及其与行政权之划分，上谕作了明确表态：“立宪政体必使司法、行政各官权限分明，责任无可诿卸，亦不得互越范围。自此次颁布《法院编制法》后，所有司法行政事务，著法部认真督理，审判事务著大理院以下审判各衙门，各按国家法律审理。从前部、院权限未清之处，即著遵照此次奏定各节，切实划分。其应钦遵《逐年筹备事宜清单》筹办各级审判厅，并责成法部会同各督抚督率提法司切实筹设，应需司法经费，著该部会同度支部，随时妥筹规划，以期早日观成。至考试法官，尤关紧要，该部堂官务须破除情面，振刷精神，钦遵定章举办。嗣后各审判衙门，朝廷既予以独立执法之权，行政各官即不准违法干涉。”[38]上谕对于宪政编查馆奏折中提出的各项请求，除了宗室案件“著另订细则办法，奏明请旨”外，其余均予以应允。
经过大约3年的起草和修订，《法院编制法》终获颁行。与沈家本的《法院编制法》奏进稿相比，钦定《法院编制法》在章节安排上有了较大改动。全法共16章，加上附则一共164条。各章分别为：第1章“审判衙门通则”（第1-13条），第2章“初级审判厅”（第14-16条），第3章“地方审判厅”（第17-24条），第4章“高等审判厅”（第25-32条），第5章“大理院”（第33-45条），第6章“司法年度及分配事务”（第46-53条），第7章“法庭之开闭及秩序”（第54-68条），第8章“审判衙门之用语”（第69-71条），第9章“判决之评议及决议”（第72-80条），第10章“庭丁”（第81-84条），第11章“检察厅”（第85-105条），第12章“推事及检察官之任用”（第106-127条），第13章“书记官及翻译官”（第128-143条），第14章“承发吏”（第144-153条），第15章“法律上之辅助”（第154-156条），第16章“司法行政之职务及监督权”（第157-163条），以及“附则”（第164条）。[39]
同时奏进的三个附属章程亦获得颁行。《法官考试任用暂行章程》共14条，就推事和检察官考试的程序、科目等作了规定。该章程基本借鉴了日本的做法，实行以两次司法考试选拔职业法律家的制度。《司法区域分划暂行章程》共10条，就大理院及各级审判厅的设置区域作了规定。《初级暨地方审判厅管辖案件暂行章程》共12条，就初级审判厅和地方审判厅的初审管辖权划分作了规定。[40]作为与《法院编制法》同时奏进的暂行章程，这三部法令构成了对后者的重要补充。
