二）并科主义，就各罪之刑并予执行。
在我国台湾地区刑法中，并科主义主要适用于以下几种情况
主刑与从刑之间的并罚：即死刑、无期徒刑、有期徒刑、拘役、罚金与褫夺公权、没收、追征、追缴或抵偿之间。台湾地区刑法第37条规定：宣告死刑或无期徒刑者，宣告褫夺公权终身。宣告一年以上有期徒刑，依犯罪之性质认为有褫夺公权之必要者，宣告一年以上十年以下褫夺公权。第51条第10款亦规定：依第五款至第九款所定之刑，并执行之。即有期徒刑、拘役、罚金与褫夺公权、没收之间的并科。同时，在死刑或无期徒刑吸收其他刑种时，从刑不在此限，此为死刑或无期徒刑与从刑之并科
主刑之间的并罚：台湾地区刑法规定，死刑或无期徒刑在遵循吸收主义原则时，并不吸收罚金刑。刑法修改之前主张罚金刑为主刑之一种，应为死刑所吸收，而基于这两种刑罚并无执行冲突的缘故，修订后刑法采并科主义。对于有期徒刑、拘役及罚金之间的并罚，依其刑法规定，亦采并科主义，其惟一例外在于三年以上有期徒刑与拘役之间的并罚（采吸收主义
从刑之间的并罚：台湾地区刑法第5l条第9款规定：宣告多数没收者，并执行之。而对于褫夺公权，没收及追征、追缴或抵偿之间的并罚，基于其各自性质、功能之差异，亦并科执行之。
与我国台湾地区刑法数罪并罚中并科主义适用的情况相对应，大陆刑法中适用并科主义的情形有
主刑与附加刑的并罚：刑法第69条第2款规定，如果数罪中有判处附加刑的，附加刑仍须执行
主刑之间的并罚，这主要表现为上文提及的有期徒刑、拘役与管制之间的关系问题上。依刑法规定，有期徒刑，拘役与管制三种主刑内容各有不同，执行方法亦有所区别，对犯罪人自由的剥夺（限制）程度不一，故笔者认为，“分别执行说”虽不甚完善，却为无奈之举
附加刑之间的并罚，大陆刑法中的附加刑包括罚金、剥夺政治权利与没收财产这三种。对于这三种刑罚之间的并罚，基于冲突存在的可能性（罚金与没收财产之间），罚金与剥夺政治权利、没收财产与剥夺政治权利均适用并科主义，至于罚金与没收财产，笔者认为，应视具体情况而定，因为这二者之间可能引起执行上的冲突，当存在附加没收全部财产时，罚金的执行无意义；当没收部分财产与罚金合并附加时，也要考虑到犯罪人的财产范围，“随时追缴”有将惩罚视为目的之嫌，亦不利于改造犯罪人。应当指出的是，大陆刑法中的“没收财产”与台湾地区刑法中的“没收”并不相同：“没收财产”是没收犯罪分子个人所有财产的一部或者全部，包括犯罪分子的合法财产。而“没收”是指没收违禁物、供犯罪所用或犯罪预备之物或因犯罪所生或所得之物。这也从根本上决定了在并罚时所采取的不同方法。
由此可见，在对并科主义的适用上，我国台湾地区刑法针对不同刑种的特点，较好地运用了并科主义方法，而大陆地区刑法对具体刑种的适用欠缺具体、详尽之规定，相关的理论学说亦有待进一步探讨。
