第一种特别行政区模式。要说特别行政区模式，不能不提及香港、澳门。现在，恢复了对香港、澳门的主权之后，我们国家刑法的有关章节为什么还没有在这两个地区实施呢？这主要是因为我们国家对这两个地区恢复主权是采用和平的方式进行的，而且全国人大已经通过的《香港特别行政区基本法》第23条和《澳门特别行政区基本法》第23条的规定要求这两个地区必须进行立法禁止任何叛国、分裂国家、煽动叛乱、颠覆中央人民政府及窃取国家机密的行为等危害国家安全的犯罪。也就是说，如果这两个地区发生了上述的所谓分裂国家的行为，那么可以根据特别行政区立法会的规定由特区法院自行管辖。
而在台湾问题上，按照有关学者的观点，我们国家统一后的国家结构形式不宜采取联邦制，仍可取“一国两制”的框架，如香港和澳门地区的特别行政区制，给台湾地区留有高度自治权。这不仅可以增大台湾地区人民的福祉，提高台湾地区在国家社会中的地位，扩大台湾地区人民参与国际社会的空间，也维持了台湾地区人民的生活现状，应该是一种社会变动成本最小的统一方式。[9]果真如此，国家也可以让全国人大授权台湾地区的立法会自行制定禁止危害国家安全犯罪的法律。
第二种大陆模式。非和平方式的模式选择后，接下来就是刑法衔接的问题。该如何审判处罚这些台独犯罪分子的问题，处罚他们的正当性根据是什么？依照什么法律以及如何适用法律，这将是一个非常敏感而又复杂的法律问题。
先看国内其他分裂国家的势力和行为。如“藏独”和“疆独”等分裂势力可以直接适用现行刑法中有关分裂国家犯罪的法律规定，不需要另行制定特别法律，因为西藏和新疆都是中国的领土，国家不仅享有领土和主权（政权），而且也享有有效的统治和管理等治权，所以我国现行的所有法律几乎都可以在这两个地区适用。
再看“台独”分裂势力。虽然台湾地区属于中国的领土，我们国家也享有充分的主权。但是，由于众所周知的原因，目前还不能有效行使统治和管理等治权，大陆的很多法律，包括刑法还不能在台湾地区适用。但当国家采取非和平措施统一了之后，对于“台独”分裂势力到底应该如何适用刑法呢？《反分裂国家法》作了法律铺垫，《反分裂国家法》是针对台湾“台独”分裂势力而制定的，顺着第8条规定往下推，当我们能对台湾有效行使统治和管理等治权的情况下，根据刑法关于属地管辖权的原则，适用大陆现行《刑法》是顺理成章的，因为届时就不存在管辖权上的障碍了。
（二）《反分裂国家法》与《刑法》的衔接依据
由于《反分裂国家法》不具有可诉性，许多法律责任的追究必须借助具体部门法的规定。对于其中严重的从事分裂国家行为的犯罪分子就要通过刑法中的刑事责任来贯彻和体现。如上所述，对于这些“台独”分裂势力可以适用我国刑法进行刑事制裁，但是，我国刑法中有普通刑法和特别刑法，其中普通刑法是指具有普遍适用的性质与效力的刑法，主要是指刑法典，特别刑法是指仅适用于特别人、特别时、特别地或特别事项（犯罪）的刑法，主要包括单行刑法和附属刑法。[10]那么，对这些“台独”分裂势力到底是适用普通刑法中关于危害国家安全罪的规定，还是在解除或者结束非和平措施之后，再由全国人大或者常委会重新制定有关处罚这些台独分子的单行刑法（特别刑法），然后再采用溯及既往的原则对这些台独分子进行审判呢？这些关于未来法律设计和法律适用的问题在今天听起来似乎有点危言耸听或者遥不可及。但是，作为国家立法者，应该有这样的远见卓识。
