寻求权利与秩序的平衡主要是针对保护受国际恐怖主义行为影响的普通人的人权而言的，笔者的基本观点是：在国际恐怖主义的防治机制中，对公民的权利进行一定限制是必要的，但不能借口反恐而侵犯公民的基本权利，即不能使反恐泛化，而应该寻求反恐与公民基本权利保护之间的合理与动态的平衡[3]详言之，紧急状态下，公民的人权可以受到一定的限制。但这种受限制性并不意味着所有的人权都是可予以克减的，也不意味着国家可以随心所欲地施加这种克减。人权的绝对性在紧急状态下得到了最好的体现：某些人权是绝对的，即使在紧急状态下也无法对其给予限制，因此，“人权保障的核心应该放到那些即使在紧急状态时期也不得克减的权利上”{4}。恐怖主义是一项侵犯人权的行为，但打击恐怖主义措施不当所付出的侵犯人权的代价有时会比恐怖主义罪行造成的损失更大{5}，正如2002年10月反恐委员会高级专员Sergio Vieira de Mello指出的：“最好的、惟一的措施是通过尊重人权，维护社会正义、加强民主和坚持法治原则来孤立和打击恐怖主义。”{5}
消除种族歧视和区别恐怖分子和平民实质上也是基于保护普通公民的人权的目的而设定的，因为就前者而言，不能将一些由于种族歧视政策而导致的一些过激行为设定为恐怖主义行为并将这些实施过激行为的人作为恐怖分子而予以打击；就后者而言，由于恐怖分子与平民在有些场合很难区分，因此在国际恐怖主义防治机制，尤其是武力机制的运用过程中要格外小心。
在反恐行动中，由于存在武力反恐，因此对武力反恐的手段和方法进行限制，不仅能使国际反恐行动尽量减少人员伤亡，也是对人道主义原则的最好贯彻。2001年美国对阿富汗进行的军事反恐行动中，对其手段和方法不加限制，美军不断使用杀伤力较大的集柬炸弹，狂轰滥炸，造成3767名平民丧生；各式先进或新型武器竞相亮相，美国已经完全将阿富汗当作了它的武器实验场，这是对国际法中人权保护原则，人道主义的极大挑衅，是一种新型的恐怖主义。
对恐怖分子被抓捕后的权利保护一定要纳入到法治的轨道与程序，如按照战争法，给予恐怖主义分子以战俘的身份与地位[4]。另外，除了一些与恐怖主义防治机制有关的特殊程序问题以外，对恐怖分子的定罪量刑一定要坚持罪刑法定原则和正当程序原则，以有效地维护恐怖分子的人权。
五、标本兼治原则
国际恐怖主义防治包括两个方面：一是预防，一是惩治。预防应该是根本，即治本。具体言之，即要着眼于长远的方法，着眼于政治、经济、法律等方面的综合治理，即建立一个平等的国际政治、经济和法律新秩序；惩治只是权宜之策，即治标，如加强对恐怖主义的打击等。对于国际恐怖主义的防治，正确态度应该是治本与治标同步进行，做到标本兼治。
