就在建工程抵押而言，可能涉及的一个问题就是，房地产开发企业先以其建设用地使用权设定了抵押权，并在土地登记部门办理土地使用权抵押权设立登记，然后又以在建工程设定抵押权。这时房屋登记机构是否能够为其办理在建工程抵押权设立登记?我们认为，从我国法律来看，是可以办理的。首先，《物权法》并不禁止重复抵押。而且废止了《担保法》禁止超额抵押的规定，因此即便土地使用权抵押后又办理在建工程抵押，超过了抵押财产的价值，在建工程抵押也是有效的。其次，《物权法》第200条规定：“建设用地使用权抵押后，该土地上新增的建筑物不属于抵押财产。该建设用地使用权实现抵押权时，应当将该土地上新增的建筑物与建设用地使用权一并处分，但新增建筑物所得的价款，抵押权人无权优先受偿。”因此，土地使用权抵押给债权人A之后，又以在建工程抵押给债权人B的，抵押人在办理在建工程抵押时，除需要在土地登记部门为债权人B办理第二顺位的土地使用权抵押权的设定登记之外，还需要在房屋登记机构为债权人B办理第一顺位的在建工程抵押权设立登记。当债务人无法履行债务或者发生当事人约定的实现抵押权的事由时，应当将土地使用权与在建工程一并拍卖，就土地使用权卖得的价款，债权人A首先受偿，剩余部分由债权人B受偿。但是，就在建工程拍卖所得的价款，则只有债权人B能够优先受偿。
在我国一些省市，政府对土地登记和房屋登记的分工有明确规定，即单纯的土地使用权抵押权，其上没有建筑物或构筑物的，在土地部门登记；而一旦土地上存在建筑物，无论是在建工程还是已建成的房屋，抵押权一律在房屋登记部门办理。这种情况下，土地使用权抵押后，抵押人如果想将此后新增的在建工程抵押，就要先在土地登记部门注销土地使用权抵押，然后在房屋登记部门办理在建工程抵押。这种做法可能给抵押权人带来一定的风险，即土地使用权抵押权注销后，在建工程抵押权的登记尚未办理完毕，则土地使用权和在建工程都被法院查封。因此，我们认为不应采取这一做法。
(二)在建工程抵押与商品房预售的关系
房地产开发企业以在建工程设定抵押权之后，能否进行商品房预售？这涉及到抵押财产转让的问题，对此我国许多地方房屋登记机构的实践做法不一样。有些地方规定，债权人(通常是银行)必须出具解除抵押权的书面同意，并且由抵押权人、抵押人及商品房预购人三方签订预售商品房协议书，购买者按协议书约定将款项足额汇入指定的银行帐户。至于解除抵押权的方式，有些地方是一次性全部解除抵押权，有些地方则是预售一套，解除抵押一套。
